8rco

Structure of Human Serum Albumin in complex with Aristolochic Acid II at 1.9 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rco
沉积日期 deposition_date	2023-12-06
结构标题 title	Structure of Human Serum Albumin in complex with Aristolochic Acid II at 1.9 A resolution
关键词 keywords	Albumin, Aristolochic Acid, HSA, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.82 Å
零角强度 I(0) i0	266005000.00
分子量 molecular_weight	134580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168960 Å³
包络体积 envelope_volume	227430 Å³
水化壳体积 shell_volume	47192 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.39 Å
包络 Rg envelope_rg	41.57 Å
形状 Rg shape_rg	41.82 Å
总 Rg total_rg	41.96 Å
总原子数 total_atoms	18670
残基数 n_residues	1164
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	265900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8491
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.811

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serum albumin
分子量 formula_weight	69469.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	19340

MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEPERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLVAASQAALGL

Entity 2 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	6-nitronaphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid
分子量 formula_weight	311.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	594

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.821 Å
晶胞边长 b length_b	38.671 Å
晶胞边长 c length_c	180.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	73.370 Å
R 因子 r_factor	0.2324
R_work r_work	0.2304
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/rc/8rco/8rco.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rc/8rco/8rco.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rc/8rco/8rco.dat

Structure of Human Serum Albumin in complex with Aristolochic Acid II at 1.9 A resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction