8rdr

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rdr
沉积日期 deposition_date	2023-12-08
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g
关键词 keywords	CEREBLON, Ubiquitination, E3, MOLECULAR GLUE, spiro-isoxazole, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.54 Å
零角强度 I(0) i0	23232500.00
分子量 molecular_weight	35770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44101 Å³
包络体积 envelope_volume	53234 Å³
水化壳体积 shell_volume	20812 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.81 Å
包络 Rg envelope_rg	21.34 Å
形状 Rg shape_rg	21.51 Å
总 Rg total_rg	22.40 Å
总原子数 total_atoms	2514
残基数 n_residues	319
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9141
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.623
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3538000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cereblon isoform 4
分子量 formula_weight	13703.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2748

AMPLDAGGQNSTQMVLAPGASIFRCRQCGQTISRRDWLLPMGGDHEHVVFNPAGMIFRVWCFSLAQGLRLIGAPSGEFSWFKGYDWTIALCGQCGSHLGWHYEGGSQPQTFFGLIKDRLAEGPAD

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	55518
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	(5~{S})-3-(2-nitrophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione
分子量 formula_weight	289.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.663 Å
晶胞边长 b length_b	60.446 Å
晶胞边长 c length_c	88.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	47.820 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1827
R_free r_free	0.2143

fit	/app/data/saxs_computation/rd/8rdr/8rdr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/8rdr/8rdr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/8rdr/8rdr.dat

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction