8rfj

DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 186.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rfj
沉积日期 deposition_date	2023-12-12
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans
关键词 keywords	CRISPR, crRNA, DNA binding, type IV CRISPR-Cas, CRISPRi, nuclease deficient, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.18 Å
零角强度 I(0) i0	2064020000.00
分子量 molecular_weight	352950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	430460 Å³
包络体积 envelope_volume	608240 Å³
水化壳体积 shell_volume	94441 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.40 Å
包络 Rg envelope_rg	51.96 Å
形状 Rg shape_rg	53.16 Å
总 Rg total_rg	53.37 Å
总原子数 total_atoms	24679
残基数 n_residues	3006
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.3 Å
Rg (实空间) rg_real	53.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2064000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8672
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	487600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.795

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf2
分子量 formula_weight	37194.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	24679

MQIEVLIRNITPIFSAAPGSYYVSLDGTINPPQGASRFPLTRARTMTVVAETGDGVAKAVPLPIVPGNTMRNLLRRTMLKDVIEPALRDKSAQLSIGAYATAYAGNSSGNPDGVPSSFDEIVTMRAHPFLGLFGGGPRMLQGRLMVDSLYPIHQFSQRIIGSDYINDSIKGGITEIVWTRRNDPILQLGSPDDAAVIEGGAQAANDWITSLLATTKAKKGKAAKQADEAAESSDDNGRGLKAFNAHEVVIAGVKWLWRINVDRPSESQIGLILLALNKLANQRIAGGHAKDYGRFVIEDVILDGESVWTPSGVSGQATEQFFDAIAEALDGMTSSEFEQFAASAKEA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf3
分子量 formula_weight	24451.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDFLKVTINLGSPMVEPGDLFHLDALLGALRVSEVRAELGDGINPRDHHYDLPLEQYRSRSGQWVFKASAFHINKGAASQNWMQTSRINTAEAARHRSEGFLLLRAAKPNPAGGPFKNSLYHYPLVWATLTAYCVGDQARIADLLSQCRQIGGRRGVGCGRVAGFSVEVVPEVECTWALRAMPDDSEQSILCGEYALAMSALQSPYWDRSLHKPALVPTSLA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf1
分子量 formula_weight	27239.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MRYPSDVVDQVFKLPPDKGLLTWDNDPVACSHCARPIEKGDLYSPSSVGAFFSDTRNLASTSRSICWRCLILRKKQMLNGLSYALITQDGVFQISKDTNKAWLFTTPPPAPFFVMHSSSTMQHLCWRTPVTLDNRLIKVRYGNNLFVVRPEAIREALEIADRMNEGQKKWQAPIFLDRKAADSGHGALTKAGREHLSAADQEFLLNITPGERWALAYIMHSKRPQPEEPECITSKILEKL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	19711.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GUGAGCGGCAUCCAAGUUACGCAUCAGAUUCGAGACGCGAGUAUUUCCCGCGUGCGCGGGG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Target strand (TS-)DNA
分子量 formula_weight	18882.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CGGTCGGGTCATACGTCGCGTCTCGAATCTGATGCGTAACTTGGATGCTTCGTGCGTGATG

Entity 6 polymer

描述 description	Non-target strand (NTS-) DNA
分子量 formula_weight	18664.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CATCACGCACGAAGACCAAGTCAATGCTTAGTCTAATACCTGCGCTCGTATGACCCGACCG

Entity 7 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase DinG
分子量 formula_weight	77969.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

VEVIRIGAIAPPEKQRSQWARDKLAEAIELKLEPIAVPLHEVESFTSTMNPALASQLKRMAKDCNIPLARLTAGLLAALRRHYEAMEVAPAPVNPETGIPGQSEVREVLLPLLEQSASAIEKGKIVFAEAATGTGKGRMIASLAANAAAKGDTVVISAPLAVTWQLIDALKGIREAQVAGITLSLGRPNFVSPDRVLEWAVDNERVELAAWVEQGGKPLSERTKGASEVIEHELCWMLEDALVLAEDLPIDAIMLSPDDDDDCPAQRLYKSMRNNHSEAGIVLCSHYMLAAHVRFMQLRGLAGEDDPAEPAQSFSLPQAIDTLIVDEAHLLEQAFAAIYSHTLRLRPLVRAIESHVGRGKTPVVNALNALAQQITRTVQQGKDGGARVCQLDEVPSLEPALRDALTALESISVKSLDGGAKAVIRVAIRAIKDALSGRSRLRMELTPVRHFPMLVSGRANLQKALLSLWDSVAGAALVSATIYASDDHAVLTRWKLEVPPARAIYLPPVHPAWTTEPVVLHPDRNAIEPNDSPEWADETAGLITKVAERAAGGTLVLCTSYQNAELLQGRLLAVLGERLIVQTKVSSASMCVAQYKALYRAGARPVWLGVGAAWTGIDLSDEQATDPADDAMLSDLVITRLPVGLNRSLTHERRVAIAGFKIVTLEAVWQLRQGLGRLVRRPGVKNKNLWVLDSRIGGNTPWVAPYRKLLSRYRTAPL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf5
分子量 formula_weight	25635.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MFVTQVIFNMGERAYPDRARAMVAELMDGVQPGLVATLMNYIPGTSTSRTEFPTVQFGGASDGFCLLGFGDGGGAIVRDAVPLIHAALARRMPDRIIQVEHKEHSLSAEARPYVLSYTVPRMVVQKKQRHAERLLHEAEGKAHLEGLFLRSLQRQAAAVGLPLPENLEVEFKGAVGNFAAKHNPNSKVAYRGLRGAVFDVNARLGGIWTAGFMLSKGYGQFNATHQLSGAVNALSE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas oleovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.18 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	55924

fit	/app/data/saxs_computation/rf/8rfj/8rfj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rf/8rfj/8rfj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rf/8rfj/8rfj.dat

DNA bound type IV-A1 CRISPR effector complex with the DinG helicase from P. oleovorans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)