8rh1

Trimeric HSV-2F gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 186.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rh1
沉积日期 deposition_date	2023-12-14
结构标题 title	Trimeric HSV-2F gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules.
关键词 keywords	ectodomain, post-fusion, fab molecule, trimeric, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.15 Å
零角强度 I(0) i0	1122990000.00
分子量 molecular_weight	277450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	346020 Å³
包络体积 envelope_volume	498190 Å³
水化壳体积 shell_volume	78540 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.5 Å
壳层 Rg shell_rg	53.47 Å
包络 Rg envelope_rg	54.77 Å
形状 Rg shape_rg	55.10 Å
总 Rg total_rg	55.29 Å
总原子数 total_atoms	19560
残基数 n_residues	2442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1123000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8814
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.293
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.689
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.883

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein B
分子量 formula_weight	79378.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	19560

AAPAAPRASGGVAATVAANGGPASRPPPVPSPATTRARKRKTKKPPERPEATPPPDANATVAAGHATLRAHLREIKVENADAQFYVCPPPTGATVVQFEQPRRCPTRPEGQNYTEGIAVVFKENIAPYKFKATMYYKDVTVSQVWFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINAKGVCRSTAKYVRNNMETTAFHRDDHETDMELKPAKVATRTSRGWHTTDLKYNPSRVEAFHRYGTTVNCIVEEVDARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYREGSHTEHTSYAADRFKQVDGFYARDLTTKARATSPTTRNLLTTPKFTVAWDWVPKRPAVCTMTKWQEVDEMLRAEYGGSFRFSSDAISTTFTTNLTQYSLSRVDLGDCIGRDAREAIDRMFARKYNATHIKVGQPQYYLATGGFLIAYQPLLSNTLAELYVREYMREQDRKPRNATPAPLREAPSANASVERIKTTSSIEFARLQFTYNHIQRHVNDMLGRIAVAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASATVGRRASARMLGDVMAVSTCVPVAPDNVIVQNSMRVSSRPGTCYSRPLVSFRYEDQGPLIEGQLGENNELRLTRDALEPCTVGHRRYFIFGGGYVYFEEYAYSHQLSRADVTTVSTFIDLNITMLEDHEFVPLEVYTRHEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHDLRFADIDTVIRADANAA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 2 strain G
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10314
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HDIT101 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	49676.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,F

TLKESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMSVGWIRQPPGKALEWLAHIWWNNDKYYKPALKSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARIYYGYRPYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	HDIT101 Fab light chain
分子量 formula_weight	23944.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L,G

IVMTQTPLSLPVTPGEPASISCRSSQSIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCFQGSHVPWSFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	195.880 Å
R 因子 r_factor	0.2820
R_work r_work	0.2820
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	234096

fit	/app/data/saxs_computation/rh/8rh1/8rh1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rh/8rh1/8rh1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rh/8rh1/8rh1.dat

Trimeric HSV-2F gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)