8rja

;Crystal structure of the F420-reducing formylmethanofuran dehydrogenase complex from the ethanotroph Candidatus Ethanoperedens thermophilum ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 196.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rja
沉积日期 deposition_date	2023-12-20
结构标题 title	;Crystal structure of the F420-reducing formylmethanofuran dehydrogenase complex from the ethanotroph Candidatus Ethanoperedens thermophilum ;
关键词 keywords	;Anaerobic oxidoreductase, Formylmethanofuran dehydrogenase, F420 reductase, Anaerobic ethane oxidation, formate dehydrogenase, tungstopterin, CO2, gas channel, metalloprotein., OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.65 Å
零角强度 I(0) i0	2496830000.00
分子量 molecular_weight	406710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	503100 Å³
包络体积 envelope_volume	673390 Å³
水化壳体积 shell_volume	98085 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.1 Å
壳层 Rg shell_rg	59.62 Å
包络 Rg envelope_rg	56.10 Å
形状 Rg shape_rg	56.60 Å
总 Rg total_rg	56.88 Å
总原子数 total_atoms	28229
残基数 n_residues	3600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.8 Å
Rg (实空间) rg_real	56.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2496000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8706
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	153300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

描述 description	Formylmethanofuran dehydrogenase subunit A
分子量 formula_weight	62582.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	30528

MSELLIKNGKVFDPINGVKGDLMDIAIKDGKIVESVSSGAKVIDASGMTVMAGGVDAHSHIAGGKVNVGRIMRPDDGRSGLKPRTKITRPCSGYTVPNTFAMGYRYAELGYTTAFEAAIPILKARHTHEEFEDIPIIDKGGLTLFGSNWQVMDAVREGDLEKLAAYVAWGLRASRGYGVKIVNPGGGEAWGFGKNVRGLDDPVPGFDVTPSEIILALARANEMLNLPHSIHLHCNRLGTPGNYETTIETMRRLEKIKPSRDRQVVHVTHVTFNAWGGTHFGNFESKADAVAEYLNKSDHVTIDMGQLIFGNATTMTADGPVQYANARLLGAKWGNGDVELEDASGVVPLFYMRKMYVHDIMWAIGLELALLTNDPWQVLLTTDHPNGGPFVNYPEVIALLMSAKKREEEIAKLSDKMQERTCLSGIDREFDWYDIAIKTRAAHAKILGLHEYGKGHLGVGADGDVTIYNINTESVDPSVEHAAVKKAFQLPAYTIKGGEIVAKEGEITATPTGRTFWVDARVPEEYTTRMMKDLEWKFRKYYSVKMANYMVQDEYVQHPVVLEAGVN

Entity 2 polymer

描述 description	Formylmethanofuran dehydrogenase subunit B
分子量 formula_weight	47081.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

MVEITDAICSFCGSLCDDLTVKVEDNRIVDVRRACRLGAKKILGHERIPAPMIRDGSGELVEASYDEAIDRAAEILAGSKRPLLYGWASTSCEAQSKGILLAEIIGGVIDNTASVCHGPSTLAVQEKGLPTASLGQMKNRADLVIFWGCNPVHAHPRHMSRYSVYKKGFFLDRGRQNRKFVTVDVRMTDTAAISDEFIQIEQGSDYLIVSAIRALVNGKGDVVPETVAGVPKEELARVAEMMTSCRFGMILYGMGLTQSRSKYKNIDIALSLINDLNTKTKFVITPMRGHYNVTGFGQVCSWQTGFPTVDLARGVPYYNPGEMSANDLLMRDEVDSAMIIAGDAGAHFPAASIRNLAKVPLVQIDPYPNATTELANVVIPAAIVGIECEGTAYRMDGVSLRMRKLVESDYLSDEEILDRIIEKVRVIKGE

Entity 3 polymer

描述 description	formylmethanofuran dehydrogenase
分子量 formula_weight	27015.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MQTVTLTPRKSSKISVEAETITPDNFAGKTVEEIEKVTVWEGNNKTTLGEFFEVALDGSDTPENTKIVIEGSIPRVKRVGEGMSAGIILINGDVDMHVGAKMRGGRITVKGNADSWAGREMKGGELIIEGNAEYYLGAGYRGESCGMRGGRITVFGNARDYVGEHMCGGEIIIKGNAGLMPGISNNGGKIIIEGNTTMPGGEMKKGTIIINGRVDELVPVYQQEEDEELDGVSYKKYTGDVVAGGKGTLYIKA

Entity 4 polymer

描述 description	Formylmethanofuran dehydrogenase subunit D
分子量 formula_weight	13536.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MKRDVNIVTGRTIKQGADIENKLSREYFEACARCEVGPEDLRALGISEGSNVRISTDFGSVVVPVALCEGNPTGIVFIPMGPWANAVVNPDTHGCGMPGFKGVPGTIEPTDDTPLDLKSLMKLYKE

Entity 5 polymer

描述 description	Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
分子量 formula_weight	40467.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

MMNGYDQLVEEVIDAGICVSCGNCAAVCPLQYISMEEKKPVQDREKRDEIEKRSGLACNDCNLCAMSCPRIEPTYFWQKRELKRMEHEGEVKAARTTYKPIQDVCQDGGIVTTLFKYLLDSGRVDGVVVSQYNGDYNPVPVLAKREDDLLRAAGTRYTVSPAYSPLTDIKQLKDDGYERIAIVGTPCQIYALRKTQAIYNSQRLLIPHNIITFAIGLFCAEEFDDRILQDLEVDIADVTGFDVKKEGLIISLKSGEKKIIPHEDLEEYVREGCKICSDFNSPYADISVGSVGSPPGWSTVIVRTETGREIYQKLLEKGLIEETTVDEKGLKLIDKMAQKKINNAQTKIKERSNKESEEE

Entity 6 polymer

描述 description	NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
分子量 formula_weight	9065.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.11
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

MANQMSFKKVKVSEECVGCGVCETVCPVNNLLEDGAEFDPDRAKLAIKVTNGEAAVDEEVCLTCGTCTFNCPSGAVYAEYEPRAS

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 10 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 15 non-polymer

描述 description	TUNGSTEN ION
分子量 formula_weight	183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 17 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 20 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 21 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2282

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.627 Å
晶胞边长 b length_b	135.636 Å
晶胞边长 c length_c	149.902 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	57.380 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1757
R_free r_free	0.2100

fit	/app/data/saxs_computation/rj/8rja/8rja.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rj/8rja/8rja.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rj/8rja/8rja.dat

;Crystal structure of the F420-reducing formylmethanofuran dehydrogenase complex from the ethanotroph Candidatus Ethanoperedens thermophilum ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)