8rks

Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rks
沉积日期 deposition_date	2023-12-30
最后修订 last_revision	2024-04-24
结构标题 title	Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21.
关键词 keywords	Retromer, FAM21, Membrane trafficking, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.22 Å
零角强度 I(0) i0	681825000.00
分子量 molecular_weight	220800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	278090 Å³
包络体积 envelope_volume	394700 Å³
水化壳体积 shell_volume	68781 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.35 Å
包络 Rg envelope_rg	47.81 Å
形状 Rg shape_rg	49.20 Å
总 Rg total_rg	49.38 Å
总原子数 total_atoms	15571
残基数 n_residues	1939
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	681600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8675
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.676
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.614

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	20531.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	15571

MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	35834.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

QPDQPVEDPDPEDFADEQSLVGRFIHLLRSEDPDQQYLILNTARKHFGAGGNQRIRFTLPPLVFAAYQLAFRYKENSKVDDKWEKKCQKIFSFAHQTISALIKAELAELPLRLFLQGALAAGEIGFENHETVAYEFMSQAFSLYEDEISDSKAQLAAITLIIGTFERMKCFSEENHEPLRTQCALAASKLLKKPDQGRAVSTCAHLFWSGRNTDKNGEELHGGKRVMECLKKALKIANQCMDPSLQVQLFIEILNRYIYFYEKENDAVTIQVLNQLIQKIREDLPNLESSEETEQINKHFHNTLEHLRLRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	WASH complex subunit 2A
分子量 formula_weight	790.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,I,J,L

DDPLNAF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	synthetic construct

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.267 Å
晶胞边长 b length_b	139.095 Å
晶胞边长 c length_c	146.147 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	146.150 Å
R 因子 r_factor	0.2555
R_work r_work	0.2508
R_free r_free	0.2877

fit	/app/data/saxs_computation/rk/8rks/8rks.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rk/8rks/8rks.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rk/8rks/8rks.dat

Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)