8rph

JanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rph
沉积日期 deposition_date	2024-01-16
结构标题 title	JanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP
关键词 keywords	THDP, FAD, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.12 Å
零角强度 I(0) i0	2288360000.00
分子量 molecular_weight	395670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	493190 Å³
包络体积 envelope_volume	627830 Å³
水化壳体积 shell_volume	103680 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.37 Å
包络 Rg envelope_rg	47.32 Å
形状 Rg shape_rg	48.14 Å
总 Rg total_rg	48.28 Å
总原子数 total_atoms	54904
残基数 n_residues	3542
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.2 Å
Rg (实空间) rg_real	48.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2289000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.090
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.605
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	665900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Thiamine pyrophosphate-binding protein
分子量 formula_weight	68003.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	55155

MMQDNKVKVAELVAEALENLGIQHAFGIIGAGNVHLFEAIARRGYTEIVCVHHEQAACMAVQTYYRTNGRIAAALLTTGAGSTNGVTGVVSAWADSIPCIVIAGNENSKFTFPENPLRMWGVQGYDSCQMVERVSKYQMRVTKMERAVYELEKGVHLALEGRPGPTWIEIPMDIQSGRIDPATLEHYVAPPAPDYLTPAVAAQVDSVLAALAKAERPVLWLGNGIRLAGGERLLKPLLEKLGSPALVSWAGIDMLDSSHPLVFGRAGVYGQRAANFILQNSDYVLAIGTRLAIPQIGYDLNELARLARIDVVDIDGDEAIKHAKRTQENIVCDARVFIEALLARLNAADAPAIASKADWVAKCRAYEEQFPWVGAEHADPEGFINSYRFMERLNGFFKDDQVVVTDMGTALLSGHQVLRFKEGQRFMTSTGLGEMGYGLPAALGVSFANDRGEVMCLNCDGGMMMNLQELQTMVHHNLPIKLFIFNNDGYLMIKHTQKSLFKSDYVGTDRKSGVSCPDFSRLAAAFDIPAYQIRGWDECDATLAKVQAHTGPVICEVFMHPQQLFSPKLGVVSRADGTLVSPPLEDLSPLIPRDVLEQAMIGGMHEKSKTLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Janthinobacterium sp. HH01
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1198452
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-oxidanyl-butanoic acid ;
分子量 formula_weight	527.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.326 Å
晶胞边长 b length_b	118.189 Å
晶胞边长 c length_c	201.166 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	99.820 Å
R 因子 r_factor	0.2081
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2403

fit	/app/data/saxs_computation/rp/8rph/8rph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/8rph/8rph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/8rph/8rph.dat