8rq9

Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rq9
沉积日期 deposition_date	2024-01-17
结构标题 title	Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2)
关键词 keywords	E3 ligase, PROTAC, TPD, targeted protein degradation, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.59 Å
零角强度 I(0) i0	128848000.00
分子量 molecular_weight	90119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111730 Å³
包络体积 envelope_volume	171080 Å³
水化壳体积 shell_volume	37074 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.0 Å
壳层 Rg shell_rg	43.08 Å
包络 Rg envelope_rg	40.39 Å
形状 Rg shape_rg	40.60 Å
总 Rg total_rg	40.74 Å
总原子数 total_atoms	6353
残基数 n_residues	868
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7529
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.585
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.347
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.609; Smooth: 0.165

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	37478.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6384

SAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSIQVIPVLPQVMMILVPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQNDRTFAVLAYSNVQEREAEFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPEGSGDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYWVAANLPIDDSLRIQLLKIDSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSREGPMAAYVNPHGYVHEILTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALIPTI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Bromodomain-containing protein 4
分子量 formula_weight	15060.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SMKDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione ;
分子量 formula_weight	824.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.882 Å
晶胞边长 b length_b	52.638 Å
晶胞边长 c length_c	130.348 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.22 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	43.270 Å
R 因子 r_factor	0.2524
R_work r_work	0.2488
R_free r_free	0.2926

fit	/app/data/saxs_computation/rq/8rq9/8rq9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rq/8rq9/8rq9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rq/8rq9/8rq9.dat

Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)