8rqp

In meso structure of the alginate exporter, AlgE, from Pseudomonas aeruginosa in 7.10 monoacylglycerol

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rqp
沉积日期 deposition_date	2024-01-19
结构标题 title	In meso structure of the alginate exporter, AlgE, from Pseudomonas aeruginosa in 7.10 monoacylglycerol
关键词 keywords	Alginate exporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.22 Å
零角强度 I(0) i0	50687300.00
分子量 molecular_weight	55705.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69717 Å³
包络体积 envelope_volume	82916 Å³
水化壳体积 shell_volume	29881 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.30 Å
包络 Rg envelope_rg	22.41 Å
形状 Rg shape_rg	22.20 Å
总 Rg total_rg	23.19 Å
总原子数 total_atoms	4394
残基数 n_residues	459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.249
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Alginate production protein AlgE
分子量 formula_weight	53502.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4690

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMANSGEAPKNFGLDVKITGESENDRDLGTAPGGTLNDIGIDLRPWAFGQWGDWSAYFMGQAVAATDTIETDTLQSDTDDGNNSRNDGREPDKSYLAAREFWVDYAGLTAYPGEHLRFGRQRLREDSGQWQDTNIEALNWSFETTLLNAHAGVAQRFSEYRTDLDELAPEDKDRTHVFGDISTQWAPHHRIGVRIHHADDSGHLRRPGEEVDNLDKTYTGQLTWLGIEATGDAYNYRSSMPLNYWASATWLTGDRDNLTTTTVDDRRIATGKQSGDVNAFGVDLGLRWNIDEQWKAGVGYARGSGGGKDGEEQFQQTGLESNRSNFTGTRSRVHRFGEAFRGELSNLQAATLFGSWQLREDYDASLVYHKFWRVDDDSDIGTSGINAALQPGEKDIGQELDLVVTKYFKQGLLPASMSQYVDEPSALIRFRGGLFKPGDAYGPGTDSTMHRAFVDFIWRF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	7.10 monoacylglycerol (S-form)
分子量 formula_weight	342.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	7.10 monoacylglycerol (R-form)
分子量 formula_weight	342.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.358 Å
晶胞边长 b length_b	74.546 Å
晶胞边长 c length_c	115.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	39.370 Å
R 因子 r_factor	0.1915
R_work r_work	0.1898
R_free r_free	0.2229

fit	/app/data/saxs_computation/rq/8rqp/8rqp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rq/8rqp/8rqp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rq/8rqp/8rqp.dat