8rr0

CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 177.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rr0
沉积日期 deposition_date	2024-01-22
结构标题 title	CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
关键词 keywords	Bacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.62 Å
零角强度 I(0) i0	8033960000.00
分子量 molecular_weight	495050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	475380 Å³
包络体积 envelope_volume	859250 Å³
水化壳体积 shell_volume	124120 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.00 Å
包络 Rg envelope_rg	54.58 Å
形状 Rg shape_rg	55.73 Å
总 Rg total_rg	55.52 Å
总原子数 total_atoms	36996
残基数 n_residues	4492
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0340e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4770e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8040000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8801
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.481
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	137800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.837

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein YjgD
分子量 formula_weight	21308.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	37080

MAKAIKRIQKIEVTEEDQRKRDLREIEDALIDHKEAILETLHMLGHMNERGVLPLLRGLFGQGDKVLDILVKKADTEETANTLKNLLLLFGTLGMLDVKQLEPLILKVNAGVASAVEQKNSEEKTGYFDIIRSLKDPEINKSITLLFSFLKGMGQDTKELERTTQPPEHQKHHQEPREKRGMNKRD

Entity 2 polymer

描述 description	Probable oxidoreductase YjgC
分子量 formula_weight	109924.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MAGKKTITINGVEMEASEEQTVLQLLNNSSIEVPQVCYHPSLGPIETCDTCIVSINGELKRSCSAELKDGDVIDTLSPDVKKAQVIGMDKILYNHELYCTVCDYNNGGCEIHNTVKEMKINHQSIPFDHKPYHKDESHPFYRYDPDQCILCGRCVEACQDVQVTETLTIDWERKRPRVIWDNDVPINESSCVSCGHCSTVCPCNAMMEKGMEGEAGYLTGINNETLRPMIEITKGVETGYGSILAISDMESAMRDERIKKTKTVCTYCGVGCSFDVWTKGRDILKVEPQEEAPANGISTCVKGKFGWDFVNSEERLTKPLIREGDHFREAEWEEALLLIASKFTELKEAFGPDSLAFITSSKCTNEESYLMQKLARGVIGTNNVDNCSRYCQSPATAGLFRTVGYGGDSGSITDIAQADLVLIIGSNTSESHPVLSTRIKRAHKLRGQKVIVADIRKHEMAERSDLFVQPRAGSDIVWLNAIAKYLIENGKADERFLRERVNGRDEYVKSLAPYTLEYAEEKTGIDQETLIQMAEMIGQADSVCALWAMGVTQHIGGSDTSTAISNLLLVTGNYGKPGAGSYPLRGHNNVQGASDFGSMPDRLPGYEKVTDEQVRQKYERVWGVPLPKEPGMTNHEMIEKIHSGQLKAMYVKGEEMGLVDSNINHVHAAYEKLDFFVVQDIFLSRTAEFADVVLPASPSLEKEGTFTNTERRIQRLYQVFEPLGESKPDWQIIMEVANKLGAGWLYEHPADIMEEAAKLSPIYAGVTYERLEGYNSLQWPVNADGKDSPLLFTERFPFPDGKAILYPVQWTEPKEFGEEYDIHVNNGRLLEHFHEGNLTYKSKGISEKTPEVFLEISPELAAERGIQDGTLVRLTSPFGNVKVKCLITDRVKGKEVYLPMNDSGEAAINLLTGSHADKDTDTPAYKETSAKMEILKHDGISPLPKINHRNGNPQPQIGVQVHKKWARKDYIFPGDAVKRGMGHNG

Entity 3 non-polymer

描述 description	UNDECANOIC ACID
分子量 formula_weight	186.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
分子量 formula_weight	751.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	HEPTANOIC ACID
分子量 formula_weight	130.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	nonanoic acid
分子量 formula_weight	158.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 11 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(IV) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	112095

fit	/app/data/saxs_computation/rr/8rr0/8rr0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rr/8rr0/8rr0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rr/8rr0/8rr0.dat

CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)