SAXSdb — 8rro

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rro
沉积日期 deposition_date	2024-01-23
结构标题 title	G12V-TCR complex with HLA-A3
关键词 keywords	HLA-A*03:01 with KRAS-G12V-10mer, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	74.80 Å
零角强度 I(0) i0	8372160000.00
分子量 molecular_weight	753800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	933230 Å³
包络体积 envelope_volume	1576300 Å³
水化壳体积 shell_volume	177310 Å³
包络直径 envelope_diameter	250.6 Å
壳层 Rg shell_rg	72.19 Å
包络 Rg envelope_rg	72.85 Å
形状 Rg shape_rg	74.81 Å
总 Rg total_rg	74.75 Å
总原子数 total_atoms	53192
残基数 n_residues	6596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	266.4 Å
Rg (实空间) rg_real	78.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8373000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9006
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1190
最高正则化参数 α highest_alpha	963200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 0.862; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.611

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	G12V-TCR alpha chain
分子量 formula_weight	23022.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,P,U,Z,e,j
原子数 atom_count	53193

MAGDSVTQKEGLVTLTEGLPVMLNCTYQTIYSNAFLFWYVHYLNESPRLLLKSSTDNKRTEHQGFHATLHKSSSSFHLQKSSAQLSDSALYYCALSEGGNYKYVFGAGTRLKVIAHIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	G12V-TCR beta chain
分子量 formula_weight	28139.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,Q,V,a,f,k

MAGTVTLLEQNPRWRLVPRGQAVNLRCILKNSQYPWMSWYQQDLQKQLQWLFTLRSPGDKEVKSLPGADYLATRVTDTELRLQVANMSQGRTLYCTCSARHSAETLYFGSGTRLTVLDLRNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
分子量 formula_weight	32176.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,R,W,b,g,l

MGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQIMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHEAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWELSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,N,S,X,c,h,m

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	GTPase KRas, N-terminally processed
分子量 formula_weight	885.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O,T,Y,d,i,n

VVVGAVGVGK

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	131.477 Å
晶胞边长 b length_b	195.787 Å
晶胞边长 c length_c	442.856 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	46.460 Å
R 因子 r_factor	0.2402
R_work r_work	0.2378
R_free r_free	0.2859

fit	/app/data/saxs_computation/rr/8rro/8rro.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rr/8rro/8rro.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rr/8rro/8rro.dat

G12V-TCR complex with HLA-A3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)