8rs4

Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with tryptoline

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rs4
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
结构标题 title	Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with tryptoline
关键词 keywords	flavin-dependent, halogenase, non-native substrate, unnatural substrate, tryptoline, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.43 Å
零角强度 I(0) i0	224499000.00
分子量 molecular_weight	119850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	149670 Å³
包络体积 envelope_volume	181440 Å³
水化壳体积 shell_volume	46471 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.85 Å
包络 Rg envelope_rg	31.26 Å
形状 Rg shape_rg	31.41 Å
总 Rg total_rg	32.17 Å
总原子数 total_atoms	8452
残基数 n_residues	1044
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	224500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8993
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.972

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan 6-halogenase ThaL
分子量 formula_weight	60219.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.19.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9219

GAMDNRIKTVVILGGGTAGWMTAAYLGKALQNTVKIVVLEAPTIPRIGVGEATVPNLQRAFFDYLGIPEEEWMRECNASYKMAVKFINWRTPGEGSPDPRTLDDGHTDTFHHPFGLLPSADQIPLSHYWAAKRLQGETDENFDEACFADTAIMNAKKAPRFLDMRRATNYAWHFDASKVAAFLRNFAVTKQAVEHVEDEMTEVLTDERGFITALRTKSGRILQGDLFVDCSGFRGLLINKAMEEPFIDMSDHLLCNSAVATAVPHDDEKNGVEPYTSSIAMEAGWTWKIPMLGRFGSGHVYSDHFATQDEATLAFSKLWGLDPDNTEFNHVRFRVGRNRRAWVRNCVSVGLASCFVEPLESSGIYFIYAAIHMLAKHFPDKTFDKVLVDRFNREIEEMFDDTRDFLQAHYYFSPRVDTPFWRANKELKLADSIKDKVETYRAGLPVNLPVTDEGTYYGNFEAEFRNFWTNGSYYCIFAGLGLMPRNPLPALAYKPQSIAEAELLFADVKRKGDTLVESLPSTYDLLRQLHGAS

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces albogriseolus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1887
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2,3,4,9-tetrahydro-1~{H}-pyrido[3,4-b]indole
分子量 formula_weight	172.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	558

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	137.590 Å
晶胞边长 b length_b	137.590 Å
晶胞边长 c length_c	144.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	45.040 Å
R 因子 r_factor	0.1705
R_work r_work	0.1688
R_free r_free	0.2037

fit	/app/data/saxs_computation/rs/8rs4/8rs4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rs/8rs4/8rs4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rs/8rs4/8rs4.dat