8rt0

BTV-15 VP5 pH 6.0

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rt0
沉积日期 deposition_date	2024-01-25
最后修订 last_revision	2024-09-04
结构标题 title	BTV-15 VP5 pH 6.0
关键词 keywords	Bluetongue 15 VP5 Outer capsid protein pH 6.0, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.84 Å
零角强度 I(0) i0	11975400.00
分子量 molecular_weight	25919.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32414 Å³
包络体积 envelope_volume	43177 Å³
水化壳体积 shell_volume	16765 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.92 Å
包络 Rg envelope_rg	30.12 Å
形状 Rg shape_rg	26.85 Å
总 Rg total_rg	26.81 Å
总原子数 total_atoms	1832
残基数 n_residues	224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6240
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	1.188
峰度 Kurtosis kurtosis	0.973
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1189000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.040; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.007; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP5
分子量 formula_weight	55221.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1840

HHHHHHGSATIDGIIQGSVHSALTGESYGESVKQAVILNVVGGGDSIADPLSPGENDMVHRLKRLEDEQKGEIIRTKHNAQVIAKFGRDLEDVYKFASREHKVGEEEEDQIQMLEKALRAYGNVVKVEGESVQKLAKALRAEEEERTDEETRMIGEYRDKIDALSKAIEIEREGLQDEAIQEIAGMSAEVLEAAAEEVPIFGAGVATSIATARAIEGAYKLKAVITALTGIDLSHMTTPKIQPKTLEAILDAPGGNVTDLMLTRGLDSKIDKINENLAEVEHMQTSILPRIKKAIEEDRDEITNWSPKRIHPKSVQRFRVPRMQTPSIHIYAAPWDSDSVFIFHVISPHHLNESFFLGFDLEIEYVHYEDLAQHWHSLGAAQEVTGRTFREAYREFFNLASRSTMASDIHKKRLQRSRMSHPIYLGVHNYELSYIAIKSNAMQLVTDEDLQKHVLRGPLHFQRRVIMAALKYGVKVMSRADDIAMMLRDA

来源 Source

来源生物 organism	Bluetongue virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40051
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.870 Å
晶胞边长 b length_b	76.870 Å
晶胞边长 c length_c	163.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	51.570 Å
R 因子 r_factor	0.2007
R_work r_work	0.1992
R_free r_free	0.2291

fit	/app/data/saxs_computation/rt/8rt0/8rt0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rt/8rt0/8rt0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rt/8rt0/8rt0.dat

BTV-15 VP5 pH 6.0

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction