8rw3

Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase, complexed with a non-covalent 1,2- Cyclophellitol aziridine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rw3
沉积日期 deposition_date	2024-02-02
结构标题 title	Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase, complexed with a non-covalent 1,2- Cyclophellitol aziridine
关键词 keywords	Glycoside hydrolase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.81 Å
零角强度 I(0) i0	1005170000.00
分子量 molecular_weight	264860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	331280 Å³
包络体积 envelope_volume	432420 Å³
水化壳体积 shell_volume	75340 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.70 Å
包络 Rg envelope_rg	45.64 Å
形状 Rg shape_rg	46.80 Å
总 Rg total_rg	47.06 Å
总原子数 total_atoms	18707
残基数 n_residues	2343
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1005000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8963
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.789
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	129700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.758

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
分子量 formula_weight	92511.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.161
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B
原子数 atom_count	19733

MFRRIAGFSPIFLMLFGSSLPTMGNPVKREIHPDAVFYKEHKLRNDGLVITTNQGNIRLQFKSEAAIEVLYRADSKQLPSFALAQPESAIKAQLTETENHLQFSGGTLTARIQKRPFAISYYRDSELLLAEESGFQVNTDKINFRFYLSPGEKILGGGQRILGMDRRGQRFPLYNRAHYGYSDHSGQMYFGLPAIMSSKQYILVFDNSASGAMDIGKTESDILQLEAKSGRSAYILVAGNSYPSLIENFTQVTGRQPLPPRWALGSFASRFGYRSEAETRATVQKYKTEDFPLDTIVLDLYWFGKDIKGHMGNLDWDKENFPTPLDMMADFKQQGVKTVLITEPFVLTSSKRWDDAVKAKALAKDPQGQPKAFELYFGNGGIIDVFSKEGSRWFSSIYKDLSKQGVAGWWGDLGEPEMHPEDTQHAIGDADTVHNAYGHRWAEMLYQQQLDQFPELRPFIMMRAGFVGSQRYGMIPWTGDVSRTWGGLASQVELALQMSLLGFGYIHSDLGGFADGETLDKEMYIRWLQYGVFQPVYRPHGQDHIPSEPVFQDEETKAILRPLVKLRYRMLPYIYTAAYQNTLTGMPLMRPLFFSDEKNPALIDNKTSYFWGDSLLVTPITQAGVESVSIPAPKGVWFDFWKDTRYQTDGAPLTLPTDLHTIPVLVKAGAFMPYVPAVSTTEDYRSDSLEIHYYADASVPLAQGEIFEDDGKDPNSIKRNQFDLLTLQATHTDNQLHFQLARTGKGYRGMPERRATTLVIHNASDQYQHLDINGKTIAIAQADCASTPALACYDQERRQLQLVFTWGREALNLRLHK

来源 Source

来源生物 organism	Cellvibrio japonicus Ueda107
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	498211
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},6~{S})-4-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3-diol
分子量 formula_weight	159.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXALATE ION
分子量 formula_weight	88.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	994

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	197.020 Å
晶胞边长 b length_b	341.249 Å
晶胞边长 c length_c	102.805 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.820 Å
R 因子 r_factor	0.2193
R_work r_work	0.2171
R_free r_free	0.2611

fit	/app/data/saxs_computation/rw/8rw3/8rw3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rw/8rw3/8rw3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rw/8rw3/8rw3.dat