8ry3

CryoEM structure of M. smegmatis GMP reductase in complex with GMP and GTP at pH 6.6, extended conformation I.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ry3
沉积日期 deposition_date	2024-02-08
结构标题 title	CryoEM structure of M. smegmatis GMP reductase in complex with GMP and GTP at pH 6.6, extended conformation I.
关键词 keywords	GMP reductase, GuaB1, CBS domain, Mycobacterium smegmatis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.83 Å
零角强度 I(0) i0	2468940000.00
分子量 molecular_weight	400150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	495280 Å³
包络体积 envelope_volume	682240 Å³
水化壳体积 shell_volume	114830 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.8 Å
壳层 Rg shell_rg	57.74 Å
包络 Rg envelope_rg	44.46 Å
形状 Rg shape_rg	46.83 Å
总 Rg total_rg	47.17 Å
总原子数 total_atoms	28080
残基数 n_residues	3792
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.7 Å
Rg (实空间) rg_real	46.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2471000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	216500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.868

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	GMP reductase
分子量 formula_weight	51782.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	28480

MVRFLDGHTPAYDLTYNDVFVVPGRSDVASRFDVDLSTVDGSGTTIPVVVANMTAVAGRRMAETVARRGGIVVLPQDLPITAVSETVDFVKSRDLVVDTPVTLSPEDSVSDANALLHKRAHGAAVVVFEGRPIGLVTEANCAGVDRFARVRDIALSDFVTAPVGTDPREVFDLLEHAPIDVAVMTAPDGTLAGVLTRTGAIRAGIYTPAVDAKGRLRIAAAVGINGDVGAKAQALAEAGADLLVIDTAHGHQAKMLDAIKAVASLDLGLPLVAGNVVSAEGTRDLIEAGASIVKVGVGPGAMCTTRMMTGVGRPQFSAVVECAAAARQLGGHVWADGGVRHPRDVALALAAGASNVMIGSWFAGTYESPGDLLFDRDDRPYKESYGMASKRAVAARTAGDSSFDRARKGLFEEGISTSRMSLDPARGGVEDLLDHITSGVRSTCTYVGAANLPELHEKVVLGVQSAAGFAEGHPLPAGWTAAAKEDLEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.52 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72987

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