SAXSdb — 8rz2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rz2
沉积日期 deposition_date	2024-02-11
结构标题 title	PfRH5 bound to monoclonal antibody R5.034
关键词 keywords	Malaria, blood stage, synthetic vaccine immunogen, PfRH5, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.85 Å
零角强度 I(0) i0	97139600.00
分子量 molecular_weight	79287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99527 Å³
包络体积 envelope_volume	129890 Å³
水化壳体积 shell_volume	34275 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.33 Å
包络 Rg envelope_rg	35.09 Å
形状 Rg shape_rg	34.84 Å
总 Rg total_rg	35.10 Å
总原子数 total_atoms	5585
残基数 n_residues	708
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	97120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8150
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.659
峰度 Kurtosis kurtosis	0.085
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.646; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.754; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Reticulocyte binding protein 5
分子量 formula_weight	63128.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5650

MIRIKKKLILTIIYIHLFILNRLSFENAIKKTKNQENNLTLLPIKSTEEEKDDIKNGKDIKKEIDNDKENIKTNNAKDHSTYIKSYLNTNVNDGLKYLFIPSHNSFIKKYSVFNQINDGMLLNEKNDVKNNEDYKNVDYKNVNFLQYHFKELSNYNIANSIDILQEKEGHLDFVIIPHYTFLDYYKHLSYNSIYHKSSTYGKYIAVDAFIKKINEAYDKVKSKCNDIKNDLIATIKKLEHPYDINNKNDDSYRYDISEEIDDKSEETDDETEEVEDSIQDTDSNHTPSNKKKNDLMNRTFKKMMDEYNTKKKKLIKCIKNHENDFNKICMDMKNYGTNLFEQLSCYNNNFCNTNGIRYHYDEYIHKLILSVKSKNLNKDLSDMTNILQQSELLLTNLNKKMGSYIYIDTIKFIHKEMKHIFNRIEYHTKIINDKTKIIQDKIKLNIWRTFQKDELLKRILDMSNEYSLFITSDHLRQMLYNTFYSKEKHLNNIFHHLIYVLQMKFNDVPIKMEYFQTYKKNKPLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	R5.034 heavy chain
分子量 formula_weight	27391.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFNTYWMSWVRQAPGKGLEWVANIQQDGSEKDYLNSVRGRFTISRDNAKKSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDNPASAVAFDVWGQGAMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCGKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	R5.034 light chain
分子量 formula_weight	24975.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGWSCIILFLVATATGSWAQSALTQPPSVSEAPRRRVTIYCSGSSSNIGNNAVSWYQQLPGKSPKLLIYFDDLVTSGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCAAWDDRLNGVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.754 Å
晶胞边长 b length_b	82.993 Å
晶胞边长 c length_c	118.746 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	68.030 Å
R 因子 r_factor	0.2574
R_work r_work	0.2552
R_free r_free	0.3046

fit	/app/data/saxs_computation/rz/8rz2/8rz2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rz/8rz2/8rz2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rz/8rz2/8rz2.dat

PfRH5 bound to monoclonal antibody R5.034

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)