8rzh

ZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibitor AD-DGJ (3,6-anhydro-D-1-deoxygalactonojirimycin).

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rzh
沉积日期 deposition_date	2024-02-12
结构标题 title	ZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibitor AD-DGJ (3,6-anhydro-D-1-deoxygalactonojirimycin).
关键词 keywords	3, 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3, 6-anhydro-D-galactose, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.96 Å
零角强度 I(0) i0	1264870000.00
分子量 molecular_weight	299700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	376020 Å³
包络体积 envelope_volume	482430 Å³
水化壳体积 shell_volume	83190 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.94 Å
包络 Rg envelope_rg	46.68 Å
形状 Rg shape_rg	47.95 Å
总 Rg total_rg	48.16 Å
总原子数 total_atoms	21123
残基数 n_residues	2636
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1265000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8638
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.383
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	116900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.757

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Conserved hypothetical periplasmic protein
分子量 formula_weight	76228.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24188

MGSSHHHHHHGSLDSPDPIVLENGKLNINIDSKTGCFSVTEKTSGHVWKSDPWENAAGLLTLTDSKGKKQTVNISKSKKIEVSKTAKNTVSLKFIDPVFEDGSVAKGVSIATELRLDPNNAQLDVEVTEHRSGNFTLYDLRYPARAFSLKTDEDKGAAVIPQKQGVICPSYIFPMNGGRFCKWDDATYNNKSQGSLELFNNGTGLTMPWWGTYNEKSAVMGIVDVSARPHMQYNINNNGQYLFNAKGVMSPYQRIVFLDPIWKLDQEKGKMRISYHFIPGGDYVDMAKVYQKEAKARGHFVSLQEKLKRNPNVNKLPGAIYFGIYGGYPHYVNMPGMAFTFDELKNIIKTIHDDLRVDKAFVHAWGTFSNFVPHNYPISEALGGPEKLKAAVDLAKSYGYLYSSYHAYSPMLENDPNFTTDLMQRDAEGKLMNTGSRWARVDPKFQKGLAQKNIEKEISYLGLEADITDITFAAYRENGKEGRIELAKYIDSFNLVNGTEHGQEQWIPYFDMFEGMTYLEDRPLSVISHPAPLFNLVYHEAIANFGKIQDPDNEVTANGDFRIKALRSMLFGRGTTIFFAPYEFEGMRPMIEMARDLVSPVHKETFYSELKSHEYLSADYKVQRSRFSSGTEVIANLGPVAQKIEGGISIPGYGYRIQMKDGSLKTGHFQVSLHMD

来源 Source

来源生物 organism	Zobellia galactanivorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63186
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1~{R},4~{S},5~{R},8~{S})-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octane-4,8-diol
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2921

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	219.204 Å
晶胞边长 b length_b	106.492 Å
晶胞边长 c length_c	165.341 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	41.320 Å
R 因子 r_factor	0.1374
R_work r_work	0.1361
R_free r_free	0.1624

fit	/app/data/saxs_computation/rz/8rzh/8rzh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rz/8rzh/8rzh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rz/8rzh/8rzh.dat