8s0m

Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 164.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s0m
沉积日期 deposition_date	2024-02-14
结构标题 title	Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01
关键词 keywords	coronavirus receptor, VIRAL PROTEIN, PROTEASE, NANOBODY, VIRAL PROTEIN-RECEPTOR complex; VIRAL PROTEIN/RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.28 Å
零角强度 I(0) i0	506018000.00
分子量 molecular_weight	180480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	223140 Å³
包络体积 envelope_volume	328960 Å³
水化壳体积 shell_volume	57839 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.50 Å
包络 Rg envelope_rg	48.53 Å
形状 Rg shape_rg	49.29 Å
总 Rg total_rg	49.27 Å
总原子数 total_atoms	12661
残基数 n_residues	1626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.0 Å
Rg (实空间) rg_real	48.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	506000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8941
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.187
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.616
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Transmembrane protease serine 2
分子量 formula_weight	43678.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.122
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	12662

KFMGSKCSNSGIECDSSGTCINPSNWCDGVSHCPGGEDENRCVRLYGPNFILQVYSSQRKSWHPVCQDDWNENYGRAACRDMGYKNNFYSSQGIVDDSGSTSFMKLNTSAGNVDIYKKLYHSDACSSKAVVSLRCIACGVNLNSSRQSRIVGGESALPGAWPWQVSLHVQNVHVCGGSIITPEWIVTAAHCVEKPLNNPWHWTAFAGILRQSFMFYGAGYQVEKVISHPNYDSKTKNNDIALMKLQKPLTFNDLVKPVCLPNPGMMLQPEQLCWISGWGATEEKGKTSEVLNAAKVLLIETQRCNSRYVYDNLITPAMICAGFLQGNVDSCQGDAGGPLVTSKNNIWWLIGDTSWGSGCAKAYRPGVYGNVMVFTDWIYRQMRADGGPFEDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody A01
分子量 formula_weight	14961.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

MAQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVVSGFSLDYYAIGWFRQAPGKEREGVSCIGSSGDKTNYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAESALYSDCTEEQNPMLYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	40835.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

SGFTVKPVATVYRRIPNLPDCDIDNWLNNVSVPSPLNWERRIFSNCNFNLSTLLRLVHVDSFSCNNLDKSKIFGSCFNSITVDKFAIPNRRRDDLQLGSSGFLQSSNYKIDISSSSCQLYYSLPLVNVTINNFNPSSWNRRYGFGSFNLSSYDVVYSDHCFSVNSDFCPCADPSVVNSCAKSKPPSAICPAGTKYRHCDLDTTLYVKNWCRCSCLPDPISTYSPNTCPQKKVVVGIGEHCPGLGINEEKCGTQLNHSSCFCSPDAFLGWSFDSCISNNRCNIFSNFIFNGINSGTTCSNDLLYSNTEISTGVCVNYDLYGITGQGIFKEVSAVYYNNWQNLLYDSNGNIIGFKDFLTNKTYTILPC

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus HKU1 (isolate N5)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	443241
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	201.870 Å
晶胞边长 b length_b	201.870 Å
晶胞边长 c length_c	210.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.550 Å
最低分辨率 resolution_low	24.970 Å
R 因子 r_factor	0.1943
R_work r_work	0.1929
R_free r_free	0.2213

fit	/app/data/saxs_computation/s0/8s0m/8s0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/8s0m/8s0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s0/8s0m/8s0m.dat

Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)