8s37

DNA-bound Type IV-A3 CRISPR effector in complex with DinG helicase from K. pneumoniae (state III)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 171.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s37
沉积日期 deposition_date	2024-02-19
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	DNA-bound Type IV-A3 CRISPR effector in complex with DinG helicase from K. pneumoniae (state III)
关键词 keywords	CRISPR, crRNA, DNA binding, type IV CRISPR-Cas, CRISPRi, nuclease deficient, GENE REGULATION, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.12 Å
零角强度 I(0) i0	2098510000.00
分子量 molecular_weight	358300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	438400 Å³
包络体积 envelope_volume	586850 Å³
水化壳体积 shell_volume	97016 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.49 Å
包络 Rg envelope_rg	49.46 Å
形状 Rg shape_rg	50.13 Å
总 Rg total_rg	50.22 Å
总原子数 total_atoms	49005
残基数 n_residues	3054
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.8 Å
Rg (实空间) rg_real	50.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2098000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8589
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	166.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.132
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	458700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.729

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf2
分子量 formula_weight	38654.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,L
原子数 atom_count	49005

MRTLNFNGKISTLEPLTVTVKNAVSTSGHRLPRNGGFNAAPYFPGTSIRGTLRHAAHKVIVDRVGLNADGKSPFDLAEHFMLAQGVDINGEAETFAPGEINAGAELRSKNPLISLFGRWGLSGKVGIGNAIPDGDNQWGMFGGGARSIMFQRDESLMEFLETDQVDRLERLLEEQAEASVDISQIKTEQDALKKAMKSADKDTKAELQIKVRELDEKIQARKDQKQESRESIRRPIDPYEAFITGAELSHRMSIKNATDEEAGLFISALIRFAAEPRFGGHANHNCGLVEAHWTVTTWKPGELVPVTLGEIVITPNGVEITGDELFAMVKAFNENQSFDFTARGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf3
分子量 formula_weight	25474.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLNFKPYRVIMSSLTPVVISGIAPSLDGILYEALSQAIPSNEPGVVLARLKEILLFNDELGVFHASSLRFGITPEQGIGATTSMRCDYLSPEKLSTAMFSPRTRRGLFTRVLLTGGPTKRRMTTRPAYSAPYLTFDFVGSSEAVEILLNHAHVGVGYDYFSAANGEFNNVTILPLDIDTSISNEGMALRPVPVNSGLNGIKGVSPLIPPYFVGEKLNIVHPAPVRTQLISSLLRG

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR type AFERR-associated protein Csf1
分子量 formula_weight	29762.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MNHPVESVYSALTSILLPYMGEPVPVQRNCSCCGRAPSEFDGVGFELVNAYRERVVHCRPCQTFFVSAPELMGVENPKKPTTGQKFGMWSGVGAVINVEDNSSVLLAPQGVVNKLPEHFFDHVEVITATSGQHLEYLFNTELKFPLIYIQNFGVKTYELVRSLRVSLSADAIYTCADQLLTRQNEVLYMLDLKKAKELHQEIKNYSKKEMDIFIRTVTLLAYSRITPEAASNEFKKNNLIPLLLLLPTDPHQRLSILHLLKKV

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	19672.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

UUAUCGGCGAGACCGGGAUGCACCUCCCGAAGGGUCUCGGUGUUUCCCCUGCGUGCGGGGG

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	TS-DNA
分子量 formula_weight	18196.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCCTCCCTCCAGCTTCCGAGACCCTTCGGGAGGTGCATCCCGGTCTCGCTTGGCCTCCTC

Entity 6 polymer

描述 description	NTS-DNA
分子量 formula_weight	18743.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GAGGAGGCCAAGATCTCAATTTCGTACAAGAAATCCTTTGAGATGAAGCTGGAGGGAGGG

Entity 7 polymer

描述 description	DEAD/DEAH box helicase
分子量 formula_weight	70114.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MNTSAVFESAGLSLRKVQQDYIEAAAGALTQDHKVALISAETGVGKTLGYLVPALLILLKNPEAKFVIATNSHALMHQIFRSDRPLLEQIAEQCGIKVTFSRLMGKANYVSLEKVRGLLLMDEFTDLDTVKVLEKLANWSKPLVEFEEEYGELPAQITPEMVTYSIWDDIQDIDDIRLNALSANFIVTTHAMVMVDCMCNHRILGDKENMYLIIDEADIFVDMLEVWKQRRFNLRELTSAFNEHIPRNGVHVIDQLMNDVTSIAGDLHFCSTPAAVALFDNSFNALSKVGREIKNEAARKAFFDCIYSWEMLGLSGGQKGVGVSNKRREPALIAVNPFIGMNVGRYCTQWRSALLTSATLSITSTPETGMEWLCKALGLTSDTISIRKIFSPDVYGSMKLTIAGADFPKVFNDPKEQIFSGQWLKAVVEQLSCIQGPALVLTASHYETRMIANQLGEVSQPVYIQKAGQALSEIIKQYQEKPGILISAGASVGVSPRGENGEQIFQDLIITRIPFLPPDRMKAESLYGYLKERGYSRTFEAVNRNIYLENLRKVIRKAKQSVGRGIRSENDTVRIIILDPRFPEPTDLSSKHRSLEHIIPVRFRREYRSCEILSPAYFEEDIQC

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	46284

fit	/app/data/saxs_computation/s3/8s37/8s37.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s3/8s37/8s37.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s3/8s37/8s37.dat

DNA-bound Type IV-A3 CRISPR effector in complex with DinG helicase from K. pneumoniae (state III)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)