SAXSdb — 8san

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8san
沉积日期 deposition_date	2023-04-01
结构标题 title	CryoEM structure of VRC01-CH848.0836.10
关键词 keywords	HIV-1, antibody, VRC01, CH848.0836.10, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.52 Å
零角强度 I(0) i0	1221060000.00
分子量 molecular_weight	283900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	353270 Å³
包络体积 envelope_volume	501860 Å³
水化壳体积 shell_volume	91971 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.79 Å
包络 Rg envelope_rg	42.76 Å
形状 Rg shape_rg	43.53 Å
总 Rg total_rg	43.83 Å
总原子数 total_atoms	19908
残基数 n_residues	2415
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1221000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	169500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CH848.0836.10 gp120
分子量 formula_weight	51860.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	19908

AENLWVTVYYGVPVWKEAKTTLFCASDAKAYKKEVHNVWATHACVPTDPSPQELFLKNVTENFNMWKNDMVDQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLICSNATVKNSTVEEMKNCSFNTTTEIRDKEKKEYALFYRPDIVPLNNETSNTSEYRLINCNTSACTQACPKVTFEPIPIHYCAPAGYAILKCNDETFNGTGPCSNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEKGIVIRSENLTNNAKIIIVHLHTPVEIVCTRPNNNTRKSVRIGPGQTFYATGDIIGDIRQAHCNISESKWNETLQKVGKELQKHFPNKTIKYAQSAGGDMEITTHSFNCGGEFFYCNTAKLFNGTYNGTDISTNSSTNSNPTITLQCRIKQIINMWQGVGRCMYAPPIAGNITCKSNITGLLLTRDGGTNSSGKEEIFRPAGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRR

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 06TG.HT008
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	587638
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CH848.0836.10 gp41
分子量 formula_weight	17146.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 06TG.HT008
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	587638
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	VCR01 variable heavy chain
分子量 formula_weight	24367.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

QVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRGGAVNYARPLQGRVTMTRDVYSDTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSSPSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKAEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	VCR01 variable light chain
分子量 formula_weight	23172.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

EIVLTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLRSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28746

fit	/app/data/saxs_computation/sa/8san/8san.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sa/8san/8san.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sa/8san/8san.dat

CryoEM structure of VRC01-CH848.0836.10

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)