8scd

Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in complex with reaction intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8scd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8scd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8scd
沉积日期 deposition_date2023-04-05
结构标题 titleCrystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in complex with reaction intermediate
关键词 keywords;TIM BARREL, ALPHA BETA PROTEIN, ANTIBIOTIC RESISTANCE, SULFONAMIDES, STRUCTURAL GENOMICS, CSGID, CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES, CSBID, CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES, NIAID, NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.26
零角强度 I(0) i015035400.00
分子量 molecular_weight29712.0 kDa
排除体积 excluded_volume37419 ų
包络体积 envelope_volume41355 ų
水化壳体积 shell_volume19369 ų
包络直径 envelope_diameter55.1
壳层 Rg shell_rg24.12
包络 Rg envelope_rg17.63
形状 Rg shape_rg17.23
总 Rg total_rg18.37
总原子数 total_atoms2077
残基数 n_residues264
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.1
Rg (实空间) rg_real18.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real1.5040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15040000.0000
解质量估计 total_estimate0.9001
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.476
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4416000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.963

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8scdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Dihydropteroate synthase-like

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)