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8sew

Cryo-EM Structure of RyR1 + ADP (Local Refinement of TMD)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 144.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sew

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sew
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8sew
沉积日期 deposition_date2023-04-10
结构标题 titleCryo-EM Structure of RyR1 + ADP (Local Refinement of TMD)
关键词 keywordsCalcium ion channel, skeletal muscle, nucleotide, homotetramer, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.32 Å
零角强度 I(0) i01167260000.00
分子量 molecular_weight294550.0 kDa
排除体积 excluded_volume372060 ų
包络体积 envelope_volume559760 ų
水化壳体积 shell_volume94792 ų
包络直径 envelope_diameter150.9 Å
壳层 Rg shell_rg54.83 Å
包络 Rg envelope_rg46.49 Å
形状 Rg shape_rg47.31 Å
总 Rg total_rg47.65 Å
总原子数 total_atoms20716
残基数 n_residues2516
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.7 Å
Rg (实空间) rg_real47.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1670e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1168000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8823
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.0 Å
偏度 Skewness skewness0.086
峰度 Kurtosis kurtosis-0.477
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha98790000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.744
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)