SAXSdb — 8sfr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sfr
沉积日期 deposition_date	2023-04-11
结构标题 title	WT CRISPR-Cas12a post nontarget strand cleavage.
关键词 keywords	CRISPR, R-loop, endonuclease, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.30 Å
零角强度 I(0) i0	534567000.00
分子量 molecular_weight	172250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208640 Å³
包络体积 envelope_volume	290590 Å³
水化壳体积 shell_volume	62632 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.75 Å
包络 Rg envelope_rg	37.61 Å
形状 Rg shape_rg	38.30 Å
总 Rg total_rg	38.66 Å
总原子数 total_atoms	12045
残基数 n_residues	1332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	534600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6674
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.213
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	65060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas12a
分子量 formula_weight	151705.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.1,4.6.1.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12045

GAASMTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN

来源 Source

来源生物 organism	Acidaminococcus sp. BV3L6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111120
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (39-MER)
分子量 formula_weight	15352.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

UUUUUAAUUUCUACUCUUGUAGAUGUGAUAAGUGGAAUGCCAUGUGGA

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (34-MER)
分子量 formula_weight	17211.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGCACAGTAGCTACTCCACATGGCATTCCACTTATCACTAAAAGATCGGAAGAGCG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPTPCPCPGPAPTPCPTPTPTPTPAPGPTPGPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	17299.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CGCTCTTCCGATCTTTTAGTGATAAGTGGAATGCCATGTGGAGTAGCTACTGTGCT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	105267

fit	/app/data/saxs_computation/sf/8sfr/8sfr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sf/8sfr/8sfr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sf/8sfr/8sfr.dat

WT CRISPR-Cas12a post nontarget strand cleavage.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)