8sg5

Cytochrome P450 (CYP) 3A5 crystallized with clotrimazole

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 166.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sg5
沉积日期 deposition_date	2023-04-11
结构标题 title	Cytochrome P450 (CYP) 3A5 crystallized with clotrimazole
关键词 keywords	Inhibitor, complex, CYP, cytochrome P450, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.26 Å
零角强度 I(0) i0	2178390000.00
分子量 molecular_weight	426810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	547800 Å³
包络体积 envelope_volume	769830 Å³
水化壳体积 shell_volume	115960 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.0 Å
壳层 Rg shell_rg	61.44 Å
包络 Rg envelope_rg	51.08 Å
形状 Rg shape_rg	53.26 Å
总 Rg total_rg	53.50 Å
总原子数 total_atoms	30098
残基数 n_residues	3615
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.2 Å
Rg (实空间) rg_real	53.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1780e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2180000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8662
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.045
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.454
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	144200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.854

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450 3A5
分子量 formula_weight	54862.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	30098

MALYGTRTHGLFKRLGIPGPTPLPLLGNVLSYRQGLWKFDTECYKKYGKMWGTYEGQLPVLAITDPDVIRTVLVKECYSVFTNRRSLGPVGFMKSAISLAEDEEWKRIRSLLSPTFTSGKLKEMFPIIAQYGDVLVRNLRREAEKGKPVTLKDIFGAYSMDVITGTSFGVNIDSLNNPQDPFVESTKKFLKFGFLDPLFLSIILFPFLTPVFEALNVSLFPKDTINFLSKSVNRMKKSRLNDKQKHRLDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELAAQSIIFIFAGYETTSSVLSFTLYELATHPDVQQKLQKEIDAVLPNKAPPTYDAVVQMEYLDMVVNETLRLFPVAIRLERTCKKDVEINGVFIPKGSMVVIPTYALHHDPKYWTEPEEFRPERFSKKKDSIDPYIYTPFGTGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLDTQGLLQPEKPIVLKVDSRDGHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[(2-CHLOROPHENYL)(DIPHENYL)METHYL]-1H-IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	344.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECYL NONA ETHYLENE GLYCOL ETHER
分子量 formula_weight	582.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.131 Å
晶胞边长 b length_b	200.679 Å
晶胞边长 c length_c	110.819 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	39.100 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/sg/8sg5/8sg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sg/8sg5/8sg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sg/8sg5/8sg5.dat

Cytochrome P450 (CYP) 3A5 crystallized with clotrimazole

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction