SAXSdb — 8sgd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sgd
沉积日期 deposition_date	2023-04-12
结构标题 title	Crystal Structure of CDC3(G) - CDC10(Delta 1-10) heterocomplex from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	Septin, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.66 Å
零角强度 I(0) i0	242464000.00
分子量 molecular_weight	126930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159270 Å³
包络体积 envelope_volume	213730 Å³
水化壳体积 shell_volume	48517 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.13 Å
包络 Rg envelope_rg	35.79 Å
形状 Rg shape_rg	35.69 Å
总 Rg total_rg	36.09 Å
总原子数 total_atoms	8935
残基数 n_residues	1082
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	121.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.600
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CDC10 isoform 1
分子量 formula_weight	36175.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9093

MSYVGFDTITNQIEHRLLKKGFQFNIMVVGQSGLGKSTLINTLFASHLIDSATGDDISALPVTKTTEMKISTHTLVEDRVRLNINVIDTPGFGDFIDNSKAWEPIVKYIKEQHSQYLRKELTAQRERFITDTRVHAILYFLQPNGKELSRLDVEALKRLTEIANVIPVIGKSDTLTLDERTEFRELIQNEFEKYNFKIYPYDSEELTDEELELNRSVRSIIPFAVVGSENEIEINGETFRGRKTRWSAINVEDINQCDFVYLREFLIRTHLQDLIETTSYIHYEGFRARQLIALKENANSRSSAHMSSNAIQR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CDC3 isoform 1
分子量 formula_weight	35695.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGSSHHHHHHSQDPSFNLLCVGPDGIGKTTLMKTLFNNDDIEANLVKDYEEELANDQEEEEGQGEGHENQSQEQRHKVKIKSYESVIEENGVKLNLNVIDTEGFGDFLNNDQKSWDPIIKEIDSRFDQYLDAENKINRHSINDKRIHACLYFIEPTGHYLKPLDLKFMQSVYEKCNLIPVIAKSDILTDEEILSFKKTIMNQLIQSNIELFKPPIYSNDDAENSHLSERLFSSLPYAVIGSNDIVENYSGNQVRGRSYPWGVIEVDNDNHSDFNLLKNLLIKQFMEELKERTSKILYENYRSSKLAKLG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8sgdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8sgdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8sgdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8sgdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.277 Å
晶胞边长 b length_b	154.271 Å
晶胞边长 c length_c	156.264 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	49.350 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2554

fit	/app/data/saxs_computation/sg/8sgd/8sgd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sg/8sgd/8sgd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sg/8sgd/8sgd.dat

Crystal Structure of CDC3(G) - CDC10(Delta 1-10) heterocomplex from Saccharomyces cerevisiae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)