8sgu

Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sgu
沉积日期 deposition_date	2023-04-13
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain
关键词 keywords	coronavirus, SARS-CoV-2, viral protein, glycoprotein, receptor binding domain, apo, spike protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.79 Å
零角强度 I(0) i0	10324200.00
分子量 molecular_weight	23549.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29335 Å³
包络体积 envelope_volume	34776 Å³
水化壳体积 shell_volume	16354 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.42 Å
包络 Rg envelope_rg	19.42 Å
形状 Rg shape_rg	18.74 Å
总 Rg total_rg	19.82 Å
总原子数 total_atoms	1661
残基数 n_residues	201
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8180
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.516
峰度 Kurtosis kurtosis	0.062
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1702000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.630; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.746; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	23073.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3516

NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	SARS-CoV-2, 2019-nCoV, COVID-19 virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	224

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.552 Å
晶胞边长 b length_b	80.552 Å
晶胞边长 c length_c	161.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	40.280 Å
R 因子 r_factor	0.1692
R_work r_work	0.1676
R_free r_free	0.1994

fit	/app/data/saxs_computation/sg/8sgu/8sgu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sg/8sgu/8sgu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sg/8sgu/8sgu.dat