8slv

Structure of a salivary alpha-glucosidase from the mosquito vector Aedes aegypti.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8slv
沉积日期 deposition_date	2023-04-24
结构标题 title	Structure of a salivary alpha-glucosidase from the mosquito vector Aedes aegypti.
关键词 keywords	Salivary alpha-glucosidase, mosquito, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.20 Å
零角强度 I(0) i0	68670400.00
分子量 molecular_weight	64873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80952 Å³
包络体积 envelope_volume	92988 Å³
水化壳体积 shell_volume	31391 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.21 Å
包络 Rg envelope_rg	24.64 Å
形状 Rg shape_rg	24.19 Å
总 Rg total_rg	25.05 Å
总原子数 total_atoms	4579
残基数 n_residues	562
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8698
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.346
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.134
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Salivary alpha-glucosidase
分子量 formula_weight	66760.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4913

MKIFVPLLSFLLAGLTTGLDWWEHGNFYQVYPRSFKDSDGDGIGDLDGVTEKLKYLKDIGMDGVWLSPIFSSPMADFGYDISNFREIQTEYGDLDAFQRLSDKCKQLGLHLILDFVPNHTSDQHEYFKKSVQKDETYKDFYVWHPGVHGPNNTKVPPSNWISVFRGSSWEWNEERQEFYLHQFLKEQPDLNYRNPAVVEEMKNVLRYWLDRGVSGFRIDAVPYLFESDIIDGRYRNEPESRTTDDPENPAYLVHTQTMDQPETYDMIYQWRAVLDEYSKTDNRTRIMMTEGYTSLPKIIEFFGNATANGAQIPFNFEVISNVKKNSTGADFATYVKRWLDAKPANRRSNWVLGNHDNNRLGSRLGENKIDLYNIALQTLPDIAVTYYGEEIGMLDQWIPWNETVDPAACRSDEASYSAYSRDPARTPMQWDSGKNAGFSKAAKTWLPVADNYKTLNVKIQDRARKSHLKIFKKLTKYRKRQILTEGDIDIKVSGENLLVYKRKVDKVGYVVVALNFGTEPVALGLSSLFDRADQRMQVVVSSNRVSTPDNVWVDVDNYVLIGESGIVLQYLWGKNPIVS

来源 Source

来源生物 organism	Aedes aegypti
通用名 common_name	yellow fever mosquito
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7159
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CYSTEINE
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,3-PROPANDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	327

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.760 Å
晶胞边长 b length_b	51.030 Å
晶胞边长 c length_c	70.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	101.82 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	22.550 Å
R 因子 r_factor	0.1490
R_work r_work	0.1459
R_free r_free	0.1884

fit	/app/data/saxs_computation/sl/8slv/8slv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/8slv/8slv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/8slv/8slv.dat