8smr

cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 157.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8smr
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa
关键词 keywords	Electron transport chain, Supercomplex, Pseudomonas aeruginosa, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.61 Å
零角强度 I(0) i0	1470980000.00
分子量 molecular_weight	342490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	436450 Å³
包络体积 envelope_volume	563330 Å³
水化壳体积 shell_volume	92528 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.2 Å
壳层 Rg shell_rg	55.31 Å
包络 Rg envelope_rg	48.53 Å
形状 Rg shape_rg	49.60 Å
总 Rg total_rg	49.86 Å
总原子数 total_atoms	24154
残基数 n_residues	3000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.0 Å
Rg (实空间) rg_real	50.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1471000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6539
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.608
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	88860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.029; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.524

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	20561.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,Z
原子数 atom_count	24154

NDGVNAGRRRFLVAATSVVGAAGAVGAAVPFVGSWFPSAKAKAAGAPVQVNVGKIDPGQQIIAEWRGKPVFIVHRTKEMLDALPSLEGQLADPDSKASEQPEYVDPKLRSIKPELAVIVGICTHLGCSPTFRPEVAPADLGPDWKGGYFCPCHGSHYDLAGRVYKGQPAPLNLPIPPYTFDADDVITIGVDQEK

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	46111.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,D

MNKFMAWVDARFPATKMWEDHLSKYYAPKNFNFWYFFGSLALLVLVNQILTGIWLTMSFTPSAEEAFASVEYIMRDVDYGWIIRYMHSTGASAFFIVVYLHMFRGLLYGSYQKPRELVWIFGMLIYLALMAEAFMGYLLPWGQMSYWGAQVIISLFGAIPVVGEDLAQWIRGDFLISGITLNRFFALHVIALPIVLLGLVVLHILALHEVGSNNPDGVDIKKKKDENGVPLDGIAFHPYYTVKDIVGVVVFLFIFCTVIFFFPEMGGYFLEKPNFEMANQFKTPEHIAPVWYFTPFYAILRAVPDKLMGVVAMGAAIAVLFVLPWLDRSPVRSIRYKGWLSKLWLVIFAVSFVILGYYGAQAPSPLGTTLSRVCTVLYFAFFILMPFYTRMEKTKPVPERVTG

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	26280.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M

PQLDHVDIDLTDKAAMQDGARTFANYCMGCHSAKFQRYERVATDLGIPADLMMEKLVFTGAKIGDHMDIGMKPADAKTWFGAAPPDLTLVARVRGTDWLYSYLRSFYEDPKRPWGVNNVIFPNVGMPNVLAPLQGRQVIGCKQVQVVEDGKKQFDPLTGTPLTHEACDQLTVVPKTGELNEAQFDEKVKNLVTFLAYSANPNKLASERIGTYVLLYLAFFFVFAYLLKREYWK

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c4
分子量 formula_weight	18696.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

AGDAAAGQAKAAVCGACHGADGNSPAPNFPKLAGQGERYLLKQMHDIKDGKRTVLEMTGLLTNLSDQDLADIAAYFASQKMSVGMADPNLVAQGEALFRGGKIAEGMPACTGCHSPSGVGIATAGFPHLGGQHATYVAKQLTDFREGTRTNDGDTKIMQSIAAKLSNKDIAAISSYIQGLH

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome C5
分子量 formula_weight	13475.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,O

MLAAQAAVLALWAVSAQATTTDDAIAKRLEPVGKVCVQGKECEGVGAVAAAAGGGGARSGEDIVGKTCNTCHGTGLLGAPKVGDKAEWGKRAKEQGGLDGLLAKAISGINAMPPKGTCADCSDDELKAAIKHMSGL

Entity 6 polymer

描述 description	cytochrome-c oxidase
分子量 formula_weight	52586.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

PAYNYKVVRQFAIMTVVWGVIGMGLGVLIASQLVWPQMNFDLPWTSFGRLRPLHTNLVIFAFGGCALFATSYYTVQRTCQVRLFSDTLAAFTFWGWQAVAVILLVSLPLGNTTTKEYAEIEFTGAIWLAIVWVAYAVVFFGTLIKRKVKHIYVGNWFFGSFILTTAMLHIVNHMSLPVSWFKSYSMYSGATDAMVQWWYGHNAVGFFLTTGFLGMMYYFVPKQAGRPVYSYRLSIVHFWALITLYIWAGPHHLHYTALPDWAQSLGMVMSLILLAPSWGGMINGMMTLSGAWHKLRDDPILRFLVVSLAFYGMSTFEGPMMAIKTVNALSHYTDWTIGHVHAGALGWVAMITIGSLYHLIPKVYGVEKMHSVGLINAHFWLATIGTVLYIASLWVNGITQGLMWRAVNEDGTLTYSFVESLVASHPGFIVRLVGGGFFLTGMLLMSYNTWRTVRQARPEGILAAARMA

Entity 7 polymer

描述 description	Cbb3-type Cytochrome C oxidase subunit II
分子量 formula_weight	22417.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKNHEILEKNVGLLAIFMVIAVSIGGLTQIVPLFFQDVTNTPVEGMKPRTALELEGRDIYIREGCVGCHSQMVRPFRAETERYGHYSVAGESVWDHPFLWGSKRTGPDLARVGGRYSDDWHRAHLYNPRNVVPESKMPAYPWLVENKLDGKDTATKMEVLRKLGVPYTDEDIAGAREAVKGKTEMDALVAFLQGLGTSIK

Entity 8 polymer

描述 description	Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit
分子量 formula_weight	34078.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTTFWSLYITALTLGTLLALTWLIFATRKGQRSSTTDETVGHSYDGIEEYDNPLPKWWFMLFVGTLVFAVGYLALYPGLGTWKGLMPGYQSADEFADKEKGWTGVHQWEKEMAKADEKYGPIFAKFAAMPIEEVAKDPQAVKMGGRLFASNCSICHGSDAKGAYGFPNLTDADWRWGGEPETIKTTIMAGRHAAMPAWGEVIGEEGVKNVAAFVLTQMDGRKLPEGAKADIEAGKQVFATTCVACHGPEGKGTPAMGAPDLTHPGAFIYGSSFAQLQQTIRYGRQGVMPAQQEHLGNDKVHLLAAYVYSLSH

Entity 9 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 11 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	855.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 14 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48594

fit	/app/data/saxs_computation/sm/8smr/8smr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sm/8smr/8smr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sm/8smr/8smr.dat

cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)