8sne

Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sne
沉积日期 deposition_date	2023-04-27
结构标题 title	Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP
关键词 keywords	;hyaluronic acid, hyaluronan, HA, HAS, glycosyltransferase, GT, membrane protein, nanobody, n-acetylglucosamine, glucuronic acid, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.27 Å
零角强度 I(0) i0	107548000.00
分子量 molecular_weight	85609.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108060 Å³
包络体积 envelope_volume	137490 Å³
水化壳体积 shell_volume	35714 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.77 Å
包络 Rg envelope_rg	38.23 Å
形状 Rg shape_rg	37.28 Å
总 Rg total_rg	37.20 Å
总原子数 total_atoms	6025
残基数 n_residues	735
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6652
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.836
峰度 Kurtosis kurtosis	0.174
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.230; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.065; Smooth: 0.888

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Hyaluronan synthase
分子量 formula_weight	65890.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6025

MGTSWRTIVSANLFAVGGALLMLAPAIVGYVFQWNIGVSAVWGISVYGVFVLGFYIAQIVFSEFNRMRLSDWISLRPDNWNATRVAVIIAGYREDPFMFKKCLESVRDSEYGNVARLICVIDGDEEEDLKMAEIYKQVYNDNVKKPGVVLCESENKNGSTIDSDVSKNICILQPHRGKRESLYTGFQLASMDPSVHAVVLIDSDTVLEKNAILEVVYPLSCDPNIKAVAGECKIWNTDTILSMLVSWRYFSAFNVERGAQSLWKTVQCVGGPLGAYTIDIINEIKDPWITQTFLGNKCTYGDDRRLTNEVLMRGKKIVYTPFAVGWSDSPTNVMRYIVQQTRWSKSWCREIWYTLGSAWKHGFSGIYLAFECMYQIMYFFLVMYLFSYIAIKADIRAQTATVLVSTLVTIIKSSYLALRAKNLKAFYFVLYTYVYFFCMIPARITAMFTMFDIAWGTRGGNAKMTIGARVWLWAKQFLITYMWWAGVLAAGVYSIVDNWYFDWADIQYRFALVGICSYLVFVSIVLVIYLIGKITTWNYTPLQKELIEERYLHNASENAPEVLEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1278251
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 872
分子量 formula_weight	14783.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLVESGGGLVQAGGSLKVSCAASGRAFKTYRMAWFRQAPGKEREFVSGISALETTYYADSVKGRFTISRDNTKNTVSLQMDSLKPEDTAVYYCAARRYGGTDYTTTGSYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody 886
分子量 formula_weight	14737.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGSVQPGESLRLSCQASGRIVDVNDMAWYRQAPGKQRELVARIARGGSTHYGDSAWGRFTISRDNTRNTVYLQMTSLNVEDTAVYYCNGEVKVGTRLSPFRTYWGRGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	397.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	220556

fit	/app/data/saxs_computation/sn/8sne/8sne.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sn/8sne/8sne.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sn/8sne/8sne.dat

Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)