8snj

Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 194.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8snj
沉积日期 deposition_date	2023-04-27
最后修订 last_revision	2023-05-10
结构标题 title	Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, OXIDOREDUCTASE, ArnB Transferase, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.72 Å
零角强度 I(0) i0	864842000.00
分子量 molecular_weight	242080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	302020 Å³
包络体积 envelope_volume	419440 Å³
水化壳体积 shell_volume	66603 Å³
包络直径 envelope_diameter	207.4 Å
壳层 Rg shell_rg	49.85 Å
包络 Rg envelope_rg	58.74 Å
形状 Rg shape_rg	59.73 Å
总 Rg total_rg	59.39 Å
总原子数 total_atoms	17016
残基数 n_residues	2204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.4 Å
Rg (实空间) rg_real	59.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	862400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7334
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.597
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	31770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.524; Smooth: 0.024

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
分子量 formula_weight	42563.5 kDa
突变 mutation	E3D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18852

MAHHHHHHMSDFLPFSRPSMGDAELAALREVLQSGWITTGPKNQALEEAFCQLTGNRHAIAVSSATGGMHVTLMAMGIGPGDEVITPSQTWVSTLNMICLLGATPVMIDVDHDNLMITPEAVEAAITSRTKAIIPVHYAGAPADIDAIRAVGERHGIPVIEDAAHAAGTHYKGRHVGWRGTAIFSFHAIKNMTCAEGGLIVTDDDELASRIRSLKFHGLGVDAYDRQTHGRAPQAEVITPGFKYNLADINAALALVQLDKLAQANQRRAEIAQRYLRELADTPFKPLTIPAWDHQHAWHLFIIRVDEAACGISRDVLMEKLKAMGIGTGLHFRAAHTQKYYRERFPEVSLPNTEWNSARICSIPLFPDMTDDDVTRVITALHQLSGR

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes KCTC 2190
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1028307
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1584

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.122 Å
晶胞边长 b length_b	68.346 Å
晶胞边长 c length_c	157.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	78.60 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	78.28 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	66.000 Å
R 因子 r_factor	0.2038
R_work r_work	0.2021
R_free r_free	0.2356

fit	/app/data/saxs_computation/sn/8snj/8snj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sn/8snj/8snj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sn/8snj/8snj.dat

Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction