8sos

Human CD1d presenting sphingomyelin C24:1 in complex with VHH nanobody 1D17

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sos
沉积日期 deposition_date	2023-04-29
结构标题 title	Human CD1d presenting sphingomyelin C24:1 in complex with VHH nanobody 1D17
关键词 keywords	CD1d, sphingomyelin, NKT, nanobody, VHH, 1D17, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.24 Å
零角强度 I(0) i0	191630000.00
分子量 molecular_weight	112790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141550 Å³
包络体积 envelope_volume	188080 Å³
水化壳体积 shell_volume	44372 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.22 Å
包络 Rg envelope_rg	36.70 Å
形状 Rg shape_rg	37.18 Å
总 Rg total_rg	37.69 Å
总原子数 total_atoms	7969
残基数 n_residues	989
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8585
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.081
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.876

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Antigen-presenting glycoprotein CD1d
分子量 formula_weight	39471.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	8568

MQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGCEVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQWLLNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWMRGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGSLVPRGSGSRIARLEEKVKTLKAQNSELASTANMLREQVAQLKQKVMNHGSGLNDIFEAQKIEWHEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody VHH ID17
分子量 formula_weight	13879.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSSFSSYTMTWFRQAPGKEREIVAGIRWSGESPYYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCAARLVPPGIPIERTLESMRYWGKGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	sphingomyelin
分子量 formula_weight	814.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	572

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.449 Å
晶胞边长 b length_b	136.449 Å
晶胞边长 c length_c	166.767 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	44.660 Å
R 因子 r_factor	0.2103
R_work r_work	0.2093
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/so/8sos/8sos.fit
pddf	/app/data/pr_computation/so/8sos/8sos.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/so/8sos/8sos.dat

Human CD1d presenting sphingomyelin C24:1 in complex with VHH nanobody 1D17

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)