8sp2

Crystal structure of metformin hydrolase (MfmAB) from Pseudomonas mendocina sp. MET-2 apo form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 207.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sp2
沉积日期 deposition_date	2023-05-01
最后修订 last_revision	2024-03-06
结构标题 title	Crystal structure of metformin hydrolase (MfmAB) from Pseudomonas mendocina sp. MET-2 apo form
关键词 keywords	ureohydrolase, metformin, metalloenzyme, guanylurea, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.86 Å
零角强度 I(0) i0	2935040000.00
分子量 molecular_weight	443690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	550680 Å³
包络体积 envelope_volume	795270 Å³
水化壳体积 shell_volume	111930 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.3 Å
壳层 Rg shell_rg	56.72 Å
包络 Rg envelope_rg	64.48 Å
形状 Rg shape_rg	63.87 Å
总 Rg total_rg	63.64 Å
总原子数 total_atoms	31112
残基数 n_residues	4032
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.2 Å
Rg (实空间) rg_real	63.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2926000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8739
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.688
峰度 Kurtosis kurtosis	0.093
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0110
最高正则化参数 α highest_alpha	154200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	metformin hydrolase subunit B
分子量 formula_weight	38024.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,K,L
原子数 atom_count	32022

MNPAKSYAHLFSPLGGDAGDNYRAPGLITFLRSAHVPLNAEALKACGAKYAFVGVPFDEGNIGKPGSEDAPREFRLITQEYFSYWFEYNVDLHGKAVDCGDVSMPKVSPEVAHERIYRAVREVLKSGLIPIICGGDRSISITAARALSDHIGPQKKMGYMHFGAQLDMADSWAGERNLAPCAMARITELPNLDIRNVAHLGARNAMNPKDHIDLSKERGLQYDSMFDLFDAGIYPLVERSIDRVWSGTDAQYLGFNFNVMDSSTAPGVTSTEPGGLESREMMRIVDMIAKRGGVSVIDLTELCPIFDISGTAARLAACVIMRLMASLAAQDGDVIDDKLRRTDLVAAE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	metformin hydrolase subunit A
分子量 formula_weight	40724.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

MGLDRKTETAKWQFTPHQHRGPAEQFGENDHIYSPKLHNGSFKSRGLATFMGAPYCPPDRHKIREMGAKICFLAVPWDQGQIVRAGASQGAAALRDATTQYFPYMFEYDVDLLSFFRVVDCGDVPTVPGNNIKSQEYTADYVTECLEGGAKVILFGGDHSLPIPGAKALSRFTGSGKMGYLHVDCHLDAAPDWAGNLITNCSGAPRALDLPNCNARNMAHMGSRNGLNPKDWWDFYVDNEIRVVTMSEMIERGLEVCANEIFERVKKDTDSLYFTWDTDSIDISCMPGNSAPECYGLKGREVIQLARIAGRHGCDILDIVEFCPYFDPSQIGAKMTVNMIYHYLGSRAQTLRQQGKQPENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	910

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.530 Å
晶胞边长 b length_b	107.880 Å
晶胞边长 c length_c	114.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	93.43 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	74.608 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2125
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/sp/8sp2/8sp2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sp/8sp2/8sp2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sp/8sp2/8sp2.dat

Crystal structure of metformin hydrolase (MfmAB) from Pseudomonas mendocina sp. MET-2 apo form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)