8ssp

AurA bound to danusertib and activating monobody Mb1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ssp
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
最后修订 last_revision	2023-09-06
结构标题 title	AurA bound to danusertib and activating monobody Mb1
关键词 keywords	Complex, Kinase, Monobody, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.43 Å
零角强度 I(0) i0	28650400.00
分子量 molecular_weight	41863.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52698 Å³
包络体积 envelope_volume	61845 Å³
水化壳体积 shell_volume	23493 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.67 Å
包络 Rg envelope_rg	22.72 Å
形状 Rg shape_rg	22.42 Å
总 Rg total_rg	23.22 Å
总原子数 total_atoms	2954
残基数 n_residues	352
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.318
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7062000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Aurora kinase A
分子量 formula_weight	32903.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3083

VDESKKRQWALEDFEIGRPLGKGKFGNVYLAREKQSKFILALKVLFKAQLEKAGVEHQLRREVEIQSHLRHPNILRLYGYFHDATRVYLILEYAPLGTVYRELQKLSKFDEQRTATYITELANALSYCHSKRVIHRDIKPENLLLGSAGELKIADFGWSVHAPSSRRTTLCGTLDYLPPEMIEGRMHDEKVDLWSLGVLCYEFLVGKPPFEANTYQETYKRISRVEFTFPDFVTEGARDLISRLLKHNPSQRPMLREVLEHPWITANSSKPSNCQNKESASKQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Mb1
分子量 formula_weight	10577.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSVSSVPTKLEVVAATPTSLLISWDAQTYQMYDYVSYYRITYGETGGNSPVQEFTVPGYYSTATISGLKPGVDYTITVYAEGYYSSYSPISINYRT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,3-PROPANDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-[(3E)-5-[(2R)-2-METHOXY-2-PHENYLACETYL]PYRROLO[3,4-C]PYRAZOL-3(5H)-YLIDENE]-4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)BENZAMIDE
分子量 formula_weight	474.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.517 Å
晶胞边长 b length_b	90.805 Å
晶胞边长 c length_c	143.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	45.400 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.1977
R_free r_free	0.2566

fit	/app/data/saxs_computation/ss/8ssp/8ssp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ss/8ssp/8ssp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ss/8ssp/8ssp.dat

AurA bound to danusertib and activating monobody Mb1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)