8ssr

ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ssr
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
结构标题 title	ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20
关键词 keywords	;PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN, transcription factor, zinc fingers, insulator/chromatin architecture, transcription-dna complex, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.92 Å
零角强度 I(0) i0	283217000.00
分子量 molecular_weight	102370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113290 Å³
包络体积 envelope_volume	187770 Å³
水化壳体积 shell_volume	41333 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.18 Å
包络 Rg envelope_rg	39.77 Å
形状 Rg shape_rg	40.90 Å
总 Rg total_rg	41.06 Å
总原子数 total_atoms	6926
残基数 n_residues	630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	283100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8590
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7323000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.815

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional repressor CTCF
分子量 formula_weight	34055.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6926

TRPHKCPDCDMAFVTSGELVRHRRYKHTHEKPFKCSMCDYASVEVSKLKRHIRSHTGERPFQCSLCSYASRDTYKLKRHMRTHSGEKPYECYICHARFTQSGTMKMHILQKHTENVAKFHCPHCDTVIARKSDLGVHLRKQHSYIEQGKKCRYCDAVFHERYALIQHQKSHKNEKRFKCDQCDYACRQERHMIMHKRTHTGEKPYACSHCDKTFRQKQLLDMHFKRYHDPNFVPAAFVCSKCGKTFTRRNTMARHADNCAGPDGVEGENGGETKKSKRGRKRKMRSKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (35-MER) Strand I
分子量 formula_weight	10754.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

TTAGCGCCACCTGCTGGTTAAATGTGGTACTGCAC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (35-MER) Strand II
分子量 formula_weight	10781.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GTGCAGTACCACATTTAACCAGCAGGTGGCGCTAA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	362.211 Å
晶胞边长 b length_b	68.090 Å
晶胞边长 c length_c	61.988 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	37.590 Å
R 因子 r_factor	0.2509
R_work r_work	0.2492
R_free r_free	0.2841

fit	/app/data/saxs_computation/ss/8ssr/8ssr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ss/8ssr/8ssr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ss/8ssr/8ssr.dat

ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)