SAXSdb — 8su9

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8su9
沉积日期 deposition_date	2023-05-11
最后修订 last_revision	2024-03-27
结构标题 title	E. coli SIR2-HerA complex (hexamer HerA bound with dodecamer Sir2)
关键词 keywords	HerA, SIR2, NADase, ATPase, Anti-phage system, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	70.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.75 Å
零角强度 I(0) i0	11487500000.00
分子量 molecular_weight	925360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1163400 Å³
包络体积 envelope_volume	1911900 Å³
水化壳体积 shell_volume	218990 Å³
包络直径 envelope_diameter	221.8 Å
壳层 Rg shell_rg	78.24 Å
包络 Rg envelope_rg	66.89 Å
形状 Rg shape_rg	69.74 Å
总 Rg total_rg	69.94 Å
总原子数 total_atoms	65385
残基数 n_residues	8134
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	267.8 Å
Rg (实空间) rg_real	74.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1550e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2020e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8725
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	97.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.567
峰度 Kurtosis kurtosis	0.715
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8600
最高正则化参数 α highest_alpha	1100000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 0.868; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.939

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	SIR2-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	46817.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	65385

MSIYQGGNKLNEDDFRSHVYSLCQLDNVGVLLGAGASVGCGGKTMKDVWKSFKQNYPELLGALIDKYLLVSQIDSDNNLVNVELLIDEATKFLSVAKTRRCEDEEEEFRKILSSLYKEVTKAALLTGEQFREKNQGKKDAFKYHKELISKLISNRQPGQSAPAIFTTNYDLALEWAAEDLGIQLFNGFSGLHTRQFYPQNFDLAFRNVNAKGEARFGHYHAYLYKLHGSLTWYQNDSLTVNEVSASQAYDEYINDIINKDDFYRGQHLIYPGANKYSHTIGFVYGEMFRRFGEFISKPQTALFINGFGFGDYHINRIILGALLNPSFHVVIYYPELKEAITKVSKGGGSEAEKAIVTLKNMAFNQVTVVGGGSKAYFNSFVEHLPYPVLFPRDNIVDELVEAIANLSKGEGNVPF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoside triphosphate hydrolase
分子量 formula_weight	68432.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MSLFKLTEISAIGYVVGLEGERIRINLHEGLQGRLASHRKGVSSVTQPGDLIGFDAGNILVVARVTDMAFVEADKAHKANVGTSDLADIPLRQIIAYAIGFVKRELNGYVFISEDWRLPALGSSAVPLTSDFLNIIYSIDKEELPKAVELGVDSRTKTVKIFASVDKLLSRHLAVLGSTGYGKSNFNALLTRKVSEKYPNSRIVIFDINGEYAQAFTGIPNVKHTILGESPNVDSLEKKQQKGELYSEEYYCYKKIPYQALGFAGLIKLLRPSDKTQLPALRNALSAINRTHFKSRNIYLEKDDGETFLLYDDCRDTNQSKLAEWLDLLRRRRLKRTNVWPPFKSLATLVAEFGCVAADRSNGSKRDAFGFSNVLPLVKIIQQLAEDIRFKSIVNLNGGGELADGGTHWDKAMSDEVDYFFGKEKGQENDWNVHIVNMKNLAQDHAPMLLSALLEMFAEILFRRGQERSYPTVLLLEEAHHYLRDPYAEIDSQIKAYERLAKEGRKFKCSLIVSTQRPSELSPTVLAMCSNWFSLRLTNERDLQALRYAMESGNEQILKQISGLPRGDAVAFGSAFNLPVRISINQARPGPKSSDAVFSEEWANCTELRC

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215970

fit	/app/data/saxs_computation/su/8su9/8su9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/su/8su9/8su9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/su/8su9/8su9.dat

E. coli SIR2-HerA complex (hexamer HerA bound with dodecamer Sir2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)