8sw3

BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 12C11 and RM20A3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 168.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sw3
沉积日期 deposition_date	2023-05-17
结构标题 title	BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 12C11 and RM20A3
关键词 keywords	germline targeting, HIV-1 Env, neutralizing antibody, non-human primate antibody, CD4 binding site, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.15 Å
零角强度 I(0) i0	1874050000.00
分子量 molecular_weight	353440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	438840 Å³
包络体积 envelope_volume	616030 Å³
水化壳体积 shell_volume	98852 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.5 Å
壳层 Rg shell_rg	56.07 Å
包络 Rg envelope_rg	50.14 Å
形状 Rg shape_rg	51.16 Å
总 Rg total_rg	51.25 Å
总原子数 total_atoms	24819
残基数 n_residues	3099
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.4 Å
Rg (实空间) rg_real	51.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1874000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8869
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	121400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.832

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	BG505 GT1.1 SOSIP gp120
分子量 formula_weight	57275.5 kDa
突变 mutation	E64K, K169R, Y173H, S174A, R178K, V181I, Q183P, G188N, N189T, E190S, S199A, E275K, N276D, T278R, A316W, N386D, N462D, G471S, A501C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D
原子数 atom_count	24819

MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSQEIHARFRRGARAENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETKKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKRQKVHALFYKLDIVPINENQNTSYRLINCNTAAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSKDIRNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQWFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCDTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTDSTTETFRPSGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM20A3 heavy chain variable region
分子量 formula_weight	13511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J,K

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RM20A3 light chain variable region
分子量 formula_weight	11755.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,O,P

QSALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	17146.5 kDa
突变 mutation	I559P, T605C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,F

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	12C11 heavy chain variable region
分子量 formula_weight	14244.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M,N

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGNPVTAGFDWTWIRQSPGKGLEWIGHIYGASGSTNYNPSLESRVTISRDASRNQFSLKLTTVTAADTAVYYCARRGGDHRYSRMLTFTFTNFDFWGQGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	12C11 light chain variable region
分子量 formula_weight	11475.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q,R

QSVLTQPPSVSEAARKSVSISCSGSDSNIGSNSVSWFQQFPGTAPKLLIHFNNQRASGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQTDDEADYYCAAWDDSLTAAVFGTGTRLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9539
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	456166

fit	/app/data/saxs_computation/sw/8sw3/8sw3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sw/8sw3/8sw3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sw/8sw3/8sw3.dat

BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 12C11 and RM20A3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)