8sxd

Campylobacter jejuni keto-acid reductoisomerase in complex with intermediate and NADP+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sxd
沉积日期 deposition_date	2023-05-21
最后修订 last_revision	2024-04-24
结构标题 title	Campylobacter jejuni keto-acid reductoisomerase in complex with intermediate and NADP+
关键词 keywords	Ketol-acid reductoisomerase, enzyme, biofuel, drug target, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.60 Å
零角强度 I(0) i0	21528400.00
分子量 molecular_weight	35099.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43879 Å³
包络体积 envelope_volume	58051 Å³
水化壳体积 shell_volume	22068 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.1 Å
壳层 Rg shell_rg	28.72 Å
包络 Rg envelope_rg	22.16 Å
形状 Rg shape_rg	22.59 Å
总 Rg total_rg	23.42 Å
总原子数 total_atoms	2461
残基数 n_residues	327
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9127
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1922000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ketol-acid reductoisomerase
分子量 formula_weight	35868.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.86
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2556

MAITVYYDKDCDLNLIKSKKVAIIGFGSQGHAHAMNLRDNGVNVTIGLREGSVSAVKAKNAGFEVMSVSEASKIADVIMILAPDEIQADIFNVEIKPNLSEGKAIAFAHGFNIHYGQIVVPKGVDVIMIAPKAPGHTVRNEFTLGGGTPCLIAIHQDESKNAKNLALSYASAIGGGRTGIIETTFKAETETDLFGEQAVLCGGLSALIQAGFETLVEAGYEPEMAYFECLHEMKLIVDLIYQGGIADMRYSISNTAEYGDYITGPKIITEETKKAMKGVLKDIQNGVFAKDFILERRAGFARMHAERKNMNDSLIEKTGRNLRAMMPWIS

来源 Source

来源生物 organism	Campylobacter jejuni
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-hydroxy-3-methyl-2-oxobutanoic acid
分子量 formula_weight	132.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.720 Å
晶胞边长 b length_b	130.720 Å
晶胞边长 c length_c	130.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	37.740 Å
R 因子 r_factor	0.1966
R_work r_work	0.1911
R_free r_free	0.2448

fit	/app/data/saxs_computation/sx/8sxd/8sxd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sx/8sxd/8sxd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sx/8sxd/8sxd.dat