8sxh

Structure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 187.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sxh
沉积日期 deposition_date	2023-05-22
结构标题 title	Structure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
关键词 keywords	CtpA, LbcA, C-terminal protease, Pseudomonas aeruginosa, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.58 Å
零角强度 I(0) i0	1133310000.00
分子量 molecular_weight	280030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	350560 Å³
包络体积 envelope_volume	584190 Å³
水化壳体积 shell_volume	86054 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.3 Å
壳层 Rg shell_rg	61.05 Å
包络 Rg envelope_rg	54.94 Å
形状 Rg shape_rg	57.59 Å
总 Rg total_rg	57.63 Å
总原子数 total_atoms	19719
残基数 n_residues	2625
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.8 Å
Rg (实空间) rg_real	57.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1133000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6269
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.312

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxyl-terminal protease
分子量 formula_weight	42920.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J
原子数 atom_count	19719

GSHMSAPLPLDELRTFAEVLDRVKAAYVEPVDDKTLLENAIKGMLSNLDPHSAYLGPEDFAELQESTSGEFGGLGIEVGSEDGFIKVVSPIDDTPAARAGIQPGDLIVQIDGKPTKGQSMTEAVDSMRGKAGSPITLTIVRDGGRPFDVELKRAIIKVKSVKSQVLEPGYAYLRITQFQVNTGEEVVKALNQLRKDNKGRLKGLVLDLRNNPGGVLQSAVEVADAFLTKGLIVYTKGRIANSELRFSADPADPSDKVPLVVLINGGSAAAAEIVAGALQDQKRAILMGTDSFGKGSVQTVLPLNNDRALKLTTALYYTPNGRSIQAQGIVPDIEVGRAKVTQERSSFEGFKEADLQGHLANGNGGADRPTGKRAAPSERPQDSDYQLSQALSLLKGLSVTRGN

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TPR repeat-containing protein PA4667
分子量 formula_weight	61742.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MEDTAVETKAKPEKYGSFSEDSLYSLLVAELAGQRNRFDIALSNYVVQAQKTRDPGVSERAFRIAEYLGADQEALDTSLLWARSAPDNLDAQRAAAIQLARAGRYEESMVYMEKVLNGQGDTHFDFLALSAAETDPDTRAGLLQSFDHLLKKYPNNGQLLFGKALLLQQDGRPDEALTLLEDNSASRHEVAPLLLRSRLLQSMKRSDEALPLLKAGIKEHPDDKRVRLAYARLLVEQNRLDDAKAEFAGLVQQFPDDDDLRFSLALVCLEAQAWDEARIYLEELVERDSHVDAAHFNLGRLAEEQKDTARALDEYAQVGPGNDFLPAQLRQTDVLLKAGRVDEAAQRLDKARSEQPDYAIQLYLIEAEALSNNDQQEKAWQAIQEGLKQYPEDLNLLYTRSMLAEKRNDLAQMEKDLRFVIAREPDNAMALNALGYTLADRTTRYGEARELILKAHKLNPDDPAILDSMGWINYRQGKLADAERYLRQALQRYPDHEVAAHLGEVLWAQGRQGDARAIWREYLDKQPDSDVLRRTIKRLTGAETP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	unidentified peptide
分子量 formula_weight	613.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

XXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1185591

fit	/app/data/saxs_computation/sx/8sxh/8sxh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sx/8sxh/8sxh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sx/8sxh/8sxh.dat

Structure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)