8szm

Crystal structure of E. coli ClpP protease in complex with phosphine oxide compound ACP6-12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 188.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8szm
沉积日期 deposition_date	2023-05-30
结构标题 title	Crystal structure of E. coli ClpP protease in complex with phosphine oxide compound ACP6-12
关键词 keywords	ClpP, protease, activator, antibiotic, proteostasis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.42 Å
零角强度 I(0) i0	4454400000.00
分子量 molecular_weight	564280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	706910 Å³
包络体积 envelope_volume	1071700 Å³
水化壳体积 shell_volume	137510 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.1 Å
壳层 Rg shell_rg	66.37 Å
包络 Rg envelope_rg	62.24 Å
形状 Rg shape_rg	64.43 Å
总 Rg total_rg	64.42 Å
总原子数 total_atoms	39486
残基数 n_residues	5034
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.0 Å
Rg (实空间) rg_real	64.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4455000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8357
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	241100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	23212.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	28

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N,A,B,C,D,E,F,G,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b
原子数 atom_count	39622

MSYSGERDNFAPHMALVPMVIEQTSRGERSFDIYSRLLKERVIFLTGQVEDHMANLIVAQMLFLEAENPEKDIYLYINSPGGVITAGMSIYDTMQFIKPDVSTICMGQAASMGAFLLTAGAKGKRFCLPNSRVMIHQPLGGYQGQATDIEIHAREILKVKGRMNELMALHTGQSLEQIERDTERDRFLSAPEAVEYGLVDSILTHRN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-{bis[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]phosphoryl}-2-methyl-N-(2-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]sulfanyl}ethyl)propanamide
分子量 formula_weight	629.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	136

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.968 Å
晶胞边长 b length_b	187.589 Å
晶胞边长 c length_c	169.408 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	79.830 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2603

fit	/app/data/saxs_computation/sz/8szm/8szm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sz/8szm/8szm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sz/8szm/8szm.dat

Crystal structure of E. coli ClpP protease in complex with phosphine oxide compound ACP6-12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction