8t05

Structure of Ciona Myomaker bound to Fab1A1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 101.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t05
沉积日期 deposition_date	2023-05-31
结构标题 title	Structure of Ciona Myomaker bound to Fab1A1
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.82 Å
零角强度 I(0) i0	68814600.00
分子量 molecular_weight	72339.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93474 Å³
包络体积 envelope_volume	114540 Å³
水化壳体积 shell_volume	32584 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.15 Å
包络 Rg envelope_rg	29.99 Å
形状 Rg shape_rg	29.79 Å
总 Rg total_rg	30.58 Å
总原子数 total_atoms	5104
残基数 n_residues	631
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	10780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Myomaker
分子量 formula_weight	24407.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5104

MGLILVKFLLPAISSGAFFIPGIFATKKRLFTLAFLYIFTAFFQLFFHLCTTPLLSLLFCLMGKKLLTFFSTYGLVLSIYSTLTQLTRYTDDRKHSAVVCGGLLIGVRIFQENEGPGVYAGPLITGGLLLAISWGQEMYRSKALYPDKEKWLKIILPSFALGAVSLLLLCVFQNSWNYAFVHSIHHLLMSAAITIILRLVEDGEKQDKCCGLSIACCIC

来源 Source

来源生物 organism	Ciona robusta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1774208
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	1A1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13419.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QAYLQQSGAELVRPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPRQGLEWIGAIYPGNGESSNNQKFKGKATLTVDKSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYFCARGEGNYFRSGWFAYWGQGTLVTVSS

Entity 3 polymer

描述 description	1A1 Fab light chain
分子量 formula_weight	11790.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DIVMTQSPASLSVPVGETVTITCRTSENIYSNLAWYQQKQGKSPQLLVYAATNLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQSEDFGSYYCQHFWSTPWTFGEGTKLEIK

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.220 Å
最低分辨率 resolution_low	249.000 Å
R 因子 r_factor	0.4489
R_work r_work	0.4488
R_free r_free	0.4509

分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	145594

fit	/app/data/saxs_computation/t0/8t05/8t05.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/8t05/8t05.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/8t05/8t05.dat

Structure of Ciona Myomaker bound to Fab1A1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)