8t0w

Crystal structure of dimethylsulfone (DMSO2) monooxygenase SfnG from Pseudomonas fluorescens with DMSO2 and oxidized FMN bound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t0w
沉积日期 deposition_date	2023-06-01
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	Crystal structure of dimethylsulfone (DMSO2) monooxygenase SfnG from Pseudomonas fluorescens with DMSO2 and oxidized FMN bound
关键词 keywords	two-component, ternary complex, FMN-dependent, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.48 Å
零角强度 I(0) i0	2916320000.00
分子量 molecular_weight	296440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285720 Å³
包络体积 envelope_volume	488490 Å³
水化壳体积 shell_volume	90427 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.62 Å
包络 Rg envelope_rg	42.06 Å
形状 Rg shape_rg	42.47 Å
总 Rg total_rg	42.75 Å
总原子数 total_atoms	22561
残基数 n_residues	2838
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2917000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.066
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	765100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.882

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	FMNH(2)-dependent dimethylsulfone monooxygenase
分子量 formula_weight	42845.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	25454

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMSQQAVKFAYWVPNVSGGLVVSRIEQRTDWGIDYNRKLAQLAEAAGFEYALTQIRFTAGYGAEFQHESVAFSHALLAATSQLKVIAAILPGPWQPALAAKQLATIDQLTNGRIAVNIVSGWFRGEFQAIGEHWLEHDERYRRSEEFIRSLRGIWSQDNFTFRGDFYRFDNYSLKPKPLGRPEIFQGGSSRAARDMAARVSDWYFTNGNSVEGIKAQVDDIRAKAAANHHSVKIGVNAFVIARDTEEEAKAVLAQIIDQADPEAVNAFGDAAKQAGRASPEGEGNWAKSTFEDLVQYNDGFKTNLIGTPQQIAERIVALKAVGVDLVLAGFLHFQEEVEYFGQRVLPLVRELEAKAQSARTAEVA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas fluorescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205922
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	(methanesulfonyl)methane
分子量 formula_weight	94.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2337

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	104.198 Å
晶胞边长 b length_b	172.727 Å
晶胞边长 c length_c	397.356 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	87.050 Å
R 因子 r_factor	0.1566
R_work r_work	0.1552
R_free r_free	0.1817

fit	/app/data/saxs_computation/t0/8t0w/8t0w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/8t0w/8t0w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/8t0w/8t0w.dat