8t4b

MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 201.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t4b
沉积日期 deposition_date	2023-06-08
结构标题 title	MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3
关键词 keywords	germline targeting, NHP, SOSIP, Env, HIV, BG18, immunogen design, antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex; VIRAL PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.34 Å
零角强度 I(0) i0	1782150000.00
分子量 molecular_weight	349300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	435210 Å³
包络体积 envelope_volume	641110 Å³
水化壳体积 shell_volume	94746 Å³
包络直径 envelope_diameter	199.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.64 Å
包络 Rg envelope_rg	57.44 Å
形状 Rg shape_rg	58.39 Å
总 Rg total_rg	58.14 Å
总原子数 total_atoms	24525
残基数 n_residues	3039
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	201.0 Å
Rg (实空间) rg_real	58.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1782000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8143
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	MD65 N332-GT5 SOSIP gp120
分子量 formula_weight	54286.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,F
原子数 atom_count	24525

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYAPKLRSMMRGEIKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCQNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTSVQINCTRPSNNTVKSIRIGPGQAFYYFGDVLGHVRMAHCNISKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSLILPCWIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRTVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM20A3 heavy chain Fv
分子量 formula_weight	13511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J,K

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RM20A3 light chain Fv
分子量 formula_weight	13508.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,M,N

ALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVLGQPKASPTVTLFPPSSEEL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	MD65 N332-GT5 SOSIP gp41
分子量 formula_weight	17096.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,I

AAGIGASSDGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	RM_N332_32 heavy chain Fv
分子量 formula_weight	13873.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,O,P

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSISDYCWNWIRQPPGKGLEWIGYIGGSSGSTYYNPSLKGRVTISADTSENRFSLKLSSVTAADTAVYYCARSPITVFGVVIFDEYTTGNLDLWGPGTPISISS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	RM_N332_32 light chain Fv
分子量 formula_weight	11677.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q,R

DIQMTQSPSSLSASVGDKVTITCHASQDISSWLAWYQQKPGKAPKPLIYYASSLQSGVPSRFSGSGSGTDYTLTITSLQPEDFATYYCQQYDDLPFTFGPGTKLDIK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	108784

fit	/app/data/saxs_computation/t4/8t4b/8t4b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t4/8t4b/8t4b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t4/8t4b/8t4b.dat

MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)