8t5d

Cryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein and leaderless mRNA during bacterial translation initiation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 295.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8t5d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8t5d
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8t5d
沉积日期 deposition_date2023-06-13
结构标题 titleCryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein and leaderless mRNA during bacterial translation initiation
关键词 keywordsleaderless mRNA, Cryo-EM, 70S, HflX, RIBOSOME, bS21, uS2; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier84.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron84.99
零角强度 I(0) i0148551000000.00
分子量 molecular_weight2123200.0 kDa
排除体积 excluded_volume2175200 ų
包络体积 envelope_volume3867100 ų
水化壳体积 shell_volume348100 ų
包络直径 envelope_diameter279.1
壳层 Rg shell_rg99.15
包络 Rg envelope_rg83.31
形状 Rg shape_rg85.04
总 Rg total_rg84.95
总原子数 total_atoms142752
残基数 n_residues10144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax295.8
Rg (实空间) rg_real86.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58
I(0) (实空间) i0_real1.4750e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4490e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal149100000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9066
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary109.0
偏度 Skewness skewness0.379
峰度 Kurtosis kurtosis0.057
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1750
最高正则化参数 α highest_alpha8758000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 0.907; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.788

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (53)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)