8t60

CryoEM structure of an inward-facing MelBSt at a Na(+)-bound and sugar low-affinity conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 153.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t60
沉积日期 deposition_date	2023-06-14
结构标题 title	CryoEM structure of an inward-facing MelBSt at a Na(+)-bound and sugar low-affinity conformation
关键词 keywords	;Sugar transporter; Cation-coupled symporter; Na(+) binding; Protein conformation; Nanobodies; NabFab; CryoEM, Membrane proteins; protein-protein interaction, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.48 Å
零角强度 I(0) i0	154179000.00
分子量 molecular_weight	106170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134610 Å³
包络体积 envelope_volume	197540 Å³
水化壳体积 shell_volume	38281 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.24 Å
包络 Rg envelope_rg	46.82 Å
形状 Rg shape_rg	47.44 Å
总 Rg total_rg	47.51 Å
总原子数 total_atoms	14900
残基数 n_residues	978
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.0 Å
Rg (实空间) rg_real	46.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6974
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.571
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.513; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.473; Smooth: 0.052

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Melibiose permease
分子量 formula_weight	54104.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14921

SISMTTKLSYGFGAFGKDFAIGIVYMYLMYYYTDVVGLSVGLVGTLFLVARIWDAINDPIMGWIVNATRSRWGKFKPWILIGTLTNSLVLFLLFSAHLFEGTAQVVFVCVTYILWGMTYTIMDIPFWSLVPTITLDKREREQLVPFPRFFASLAGFVTAGITLPFVSYVGGADRGFGFQMFTLVLIAFFIASTIVTLRNVHEVYSSDNGVTAGRPHLTLKTIVGLIYKNDQLSCLLGMALAYNIASNIINGFAIYYFTYVIGDADLFPYYLSYAGAANLLTLIVFPRLVKMLSRRILWAGASVMPVLSCAGLFAMALADIHNAALIVAAGIFLNIGTALFWVLQVIMVADTVDYGEFKLNIRCESIAYSVQTMVVKGGSAFAAFFIALVLGLIGYTPNVAQSAQTLQGMQFIMIVLPVLFFMMTLVLYFRYYRLNGDMLRKIQIHLLDKYRKTPPFVEQPDSPAISVVATSDVKAHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nb725_4
分子量 formula_weight	14817.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSQRQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGIIFRDNAMGWYRQAPGKEREWVATITDLGYTAYADSVKGRFTISRDNAKDTVYLQMNSLEPEDTAVYYCHLPGTAAGDYWGKGTPVTVSSLEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	NabFab_H Chain
分子量 formula_weight	25684.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSYYSIHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSSYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGYQYWQYHASWYWNGGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	NabFab_L Chain
分子量 formula_weight	23258.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	296925

fit	/app/data/saxs_computation/t6/8t60/8t60.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t6/8t60/8t60.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t6/8t60/8t60.dat

CryoEM structure of an inward-facing MelBSt at a Na(+)-bound and sugar low-affinity conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)