8t6e

Crystal structure of T33-28.3: Deep-learning sequence design of co-assembling tetrahedron protein nanoparticles

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t6e
沉积日期 deposition_date	2023-06-15
最后修订 last_revision	2024-04-24
结构标题 title	Crystal structure of T33-28.3: Deep-learning sequence design of co-assembling tetrahedron protein nanoparticles
关键词 keywords	Deep-learning, De novo design, ProteinMPNN, Rosetta, tetrahedrons, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.62 Å
零角强度 I(0) i0	1832370000.00
分子量 molecular_weight	358320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	448440 Å³
包络体积 envelope_volume	685050 Å³
水化壳体积 shell_volume	110570 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	60.30 Å
包络 Rg envelope_rg	46.09 Å
形状 Rg shape_rg	49.63 Å
总 Rg total_rg	49.92 Å
总原子数 total_atoms	25184
残基数 n_residues	3211
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1834000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8707
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	324800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.908

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	T33-28.3: A
分子量 formula_weight	17699.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	25788

MSVNTSFLSPSLVTIRDFDKGQFAVLRIGRTGFPADKGDIDLCLSKMDGVLAAQLYLGNPREPGFKGPHIRIRCVDIDDKHTYNAMVYVDLIVGTGASEVERETAEERARRALAVALRVDEADEHSCVTQFEMKLREELLSSDSFHPDKDEYYKDFL

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	T33-28.3: B
分子量 formula_weight	13507.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

MPVIQTFVSTPLDHEKRNMLTKVYRIVTDTILGKPAELVMMTFHDSTPMHFFGSTDPVACVRVEALGGYGPSEPEKVTKVVTDAISYVCGIVADRIFVLYFSPLHCGWNGTNLGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	593

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.737 Å
晶胞边长 b length_b	114.050 Å
晶胞边长 c length_c	114.197 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	62.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.41 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	48.470 Å
R 因子 r_factor	0.2052
R_work r_work	0.2048
R_free r_free	0.2398

fit	/app/data/saxs_computation/t6/8t6e/8t6e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t6/8t6e/8t6e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t6/8t6e/8t6e.dat

Crystal structure of T33-28.3: Deep-learning sequence design of co-assembling tetrahedron protein nanoparticles

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)