8t7f

Structure of the S1 variant of Fab F1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t7f
沉积日期 deposition_date	2023-06-20
结构标题 title	Structure of the S1 variant of Fab F1
关键词 keywords	enhanced crystallization, EphA2 binding, engineered protein, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.72 Å
零角强度 I(0) i0	1094880000.00
分子量 molecular_weight	268540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	333330 Å³
包络体积 envelope_volume	505790 Å³
水化壳体积 shell_volume	91360 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.66 Å
包络 Rg envelope_rg	44.08 Å
形状 Rg shape_rg	45.70 Å
总 Rg total_rg	46.05 Å
总原子数 total_atoms	18965
残基数 n_residues	2586
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1095000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8665
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	102600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.771

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	S1 variant of Fab F1 heavy chain
分子量 formula_weight	25332.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,D,F,I,K
原子数 atom_count	18965

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFDSGAYLRHWVRQAPGKGLEWVASIYPSYGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSAASYYGYWHWYHFSPGMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	S1 variant of Fab F1 light chain
分子量 formula_weight	23479.0 kDa
突变 mutation	Q165S, K167Y, Q217A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,B,E,H,J,L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASDLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYVSGGWLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVSWYVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHAGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	80.757 Å
晶胞边长 b length_b	189.456 Å
晶胞边长 c length_c	216.468 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	94.730 Å
R 因子 r_factor	0.2457
R_work r_work	0.2426
R_free r_free	0.3060

fit	/app/data/saxs_computation/t7/8t7f/8t7f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t7/8t7f/8t7f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t7/8t7f/8t7f.dat

Structure of the S1 variant of Fab F1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)