8t92

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-D-(1,2,3,4)-IP4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t92
沉积日期 deposition_date	2023-06-23
结构标题 title	Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-D-(1,2,3,4)-IP4
关键词 keywords	Virus, Kinase, inositol phosphate, soil, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.94 Å
零角强度 I(0) i0	13075100.00
分子量 molecular_weight	26135.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32339 Å³
包络体积 envelope_volume	37313 Å³
水化壳体积 shell_volume	18021 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.53 Å
包络 Rg envelope_rg	17.35 Å
形状 Rg shape_rg	16.94 Å
总 Rg total_rg	17.94 Å
总原子数 total_atoms	1826
残基数 n_residues	216
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1962000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.973

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Kinase
分子量 formula_weight	28688.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1924

DITNMSNIDLQSSKSVADEVIADIAEIVNKESIRIFPRIAGRSYIIYGQTSGIICKRMEKSDNEFVIYNYISEHYDKFLKKYVPKLYGKNNDMLLLEDLTYNYNNPNVMDVKIGARKRKSHTSGFFSIRGYTNSHDYKFDPDEYLTSESTINHIKNFMEAGGENRDKTKQVLLKWIMKLSELANDLFEINLKFDGVSLIFIYDDDCSKCDVNVVDFSRVKLIDTNDQMTISAVTNLIKILSELADNPLN

来源 Source

来源生物 organism	Terrestrivirus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2487775
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1S,2R,3R,4S,5R,6R)-5,6-dihydroxycyclohexane-1,2,3,4-tetrayl tetrakis[dihydrogen (phosphate)]
分子量 formula_weight	500.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.532 Å
晶胞边长 b length_b	104.128 Å
晶胞边长 c length_c	103.862 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	37.330 Å
R 因子 r_factor	0.1714
R_work r_work	0.1683
R_free r_free	0.2284

fit	/app/data/saxs_computation/t9/8t92/8t92.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t9/8t92/8t92.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t9/8t92/8t92.dat