8ta1

Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM907

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ta1
沉积日期 deposition_date	2023-06-26
结构标题 title	Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM907
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Dihydrofolate reductase, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.25 Å
零角强度 I(0) i0	7455920.00
分子量 molecular_weight	19244.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23797 Å³
包络体积 envelope_volume	26733 Å³
水化壳体积 shell_volume	14623 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.36 Å
包络 Rg envelope_rg	15.69 Å
形状 Rg shape_rg	15.24 Å
总 Rg total_rg	16.33 Å
总原子数 total_atoms	1352
残基数 n_residues	163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4560e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5530e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7456000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1925000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Dihydrofolate reductase
分子量 formula_weight	19035.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.3
突变 mutation	C89S, E96A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1588

MAHHHHHHMTSVGLIWAQSTSGVIGRDGGIPWRLPEDLAHFKRLTMGHTVVMGRRTWDSLPAAHRPLPGRRNVVVTRQTGLVAHGAQVVGSLEQALSPAEPDAATWVIGGAQIYALALPLANRCEVTEVDVDLPPEDEDALAPVLDQTWAGTSGEWLVSRSGLRYRMHSYRRL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium ulcerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	362242
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-cyclohexylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.722 Å
晶胞边长 b length_b	66.265 Å
晶胞边长 c length_c	44.138 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	22.270 Å
R 因子 r_factor	0.1476
R_work r_work	0.1465
R_free r_free	0.1674

fit	/app/data/saxs_computation/ta/8ta1/8ta1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ta/8ta1/8ta1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ta/8ta1/8ta1.dat