8tdd

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(furan-2-yl)acetic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tdd
沉积日期 deposition_date	2023-07-02
结构标题 title	Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(furan-2-yl)acetic acid
关键词 keywords	AMINO-ACID BIOSYNTHESIS, OXIDOREDUCTASE, PROLINE BIOSYNTHESIS, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.44 Å
零角强度 I(0) i0	340206000.00
分子量 molecular_weight	146980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	183120 Å³
包络体积 envelope_volume	236640 Å³
水化壳体积 shell_volume	53824 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.0 Å
壳层 Rg shell_rg	43.03 Å
包络 Rg envelope_rg	36.25 Å
形状 Rg shape_rg	36.46 Å
总 Rg total_rg	36.76 Å
总原子数 total_atoms	10288
残基数 n_residues	1395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	340200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7070
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.5600
最高正则化参数 α highest_alpha	211700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.912; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.775

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	33532.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	11137

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMSVGFIGAGQLAFALAKGFTAAGVLAAHKIMASSPDMDLATVSALRKMGVKLTPHNKETVQHSDVLFLAVKPHIIPFILDEIGADIEDRHIVVSCAAGVTISSIEKKLSAFRPAPRVIRCMTNTPVVVREGATVYATGTHAQVEDGRLMEQLLSSVGFCTEVEEDLIDAVTGLSGSGPAYAFTALDALADGGVKMGLPRRLAVRLGAQALLGAAKMLLHSEQHPGQLKDNVSSPGGATIHALHVLESGGFRSLLINAVEASCIRTRELQSMADQEQVSPAAIKKTILDKVKLDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(furan-2-yl)acetic acid
分子量 formula_weight	126.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	712

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.088 Å
晶胞边长 b length_b	180.470 Å
晶胞边长 c length_c	88.101 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	91.680 Å
R 因子 r_factor	0.1686
R_work r_work	0.1671
R_free r_free	0.1974

fit	/app/data/saxs_computation/td/8tdd/8tdd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/td/8tdd/8tdd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/td/8tdd/8tdd.dat

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(furan-2-yl)acetic acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction