8tdi

Structure of P2B11 Glucuronide-3-dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tdi
沉积日期 deposition_date	2023-07-03
结构标题 title	Structure of P2B11 Glucuronide-3-dehydrogenase
关键词 keywords	Oxidoreductase, Dehydrogenase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.53 Å
零角强度 I(0) i0	4076900000.00
分子量 molecular_weight	519440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	641480 Å³
包络体积 envelope_volume	878440 Å³
水化壳体积 shell_volume	129550 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.7 Å
壳层 Rg shell_rg	61.47 Å
包络 Rg envelope_rg	52.95 Å
形状 Rg shape_rg	54.52 Å
总 Rg total_rg	54.69 Å
总原子数 total_atoms	36501
残基数 n_residues	4571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.6 Å
Rg (实空间) rg_real	54.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4079000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8717
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	265500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.819

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	P2B11 Glucuronide-3-dehydrogenase
分子量 formula_weight	45297.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,J,A,C,D,E,F,G,H,I,B,K
原子数 atom_count	36746

MEKVRYGIIGVGNQGGAYAGFLTGTGNVPGMPAAPCPPHCALGALCDIDPQKEEMCKEKYPDVPFYKDWKDMVASGDVDAVITTVPHYLHTEIAIYCLEHGMNVLVEKPAGVYAKSVREMNECAAAHPEVTFGIMFNQRTNKLYQKIREIVASGELGEIRRSNWIINNWYRPDSYYRLSDWRATWGGEGGGVLVNQAPHQLDLWQWICGIPTTVYANCINGSHRDIAVENDVTVLTEYENGATGSFITCTHDLLGTDRFEIDLDGGKIVVEDSKKAYIYRFKETETAVNARDMDWMQIAMLTSSNGNSDDKMFEVEEFENTDGWGYQHTTVMENFAQHIIDGTPLLAPGSDGINGVRLANAIQLSGWTGEKVANPVDEDKYLAELNKRIEAEGKFPVREHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Collinsella tanakaei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	626935
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	245

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	106.260 Å
晶胞边长 b length_b	185.878 Å
晶胞边长 c length_c	145.362 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.370 Å
R 因子 r_factor	0.2178
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2569

fit	/app/data/saxs_computation/td/8tdi/8tdi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/td/8tdi/8tdi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/td/8tdi/8tdi.dat

Structure of P2B11 Glucuronide-3-dehydrogenase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction